<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users,<br>Thanks for your Reply.<br>Yes i did move forward to calculate the eigenvalues, as listed below.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.0096<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.860704<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.621409<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0477899<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.98079e-07<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.20151e-08<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.76454e-06<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000416762<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000621199<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00206166<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0256563<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0287882<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0341334<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0540256<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.103671<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.107328<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.117916<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.152177<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.177111<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.204475<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.211167<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.249744<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.259533<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.26757<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.293689<br>.<br>.<br>.<br>.<br><br>the first six eigenvalues should ideally be close to zero, but I such high negative value confuses me a little. So does this indicate my normal mode calculation is imperfect ?<br>Anyway these first 6 eigenvalues are infact not considered for calculation. The remaining eigenvalues are all non-negative.&nbsp; So I do not know if things are fine.<br><br>I am repeating the procedure with another starting structure from the MD run (the lowest energy snapshot).<br><br>Best,<br>nahren<br><br>--- On <b>Tue, 8/3/10, Vitaly Chaban <i>&lt;vvchaban@gmail.com&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Vitaly Chaban &lt;vvchaban@gmail.com&gt;<br>Subject: [gmx-users] Re: Minimization before NMA<br>To:
 gmx-users@gromacs.org<br>Date: Tuesday, August 3, 2010, 1:53 AM<br><br><div class="plainMail">nahren:<br><br>Hmm... Why do you think Fmax=1.754e+00 is&nbsp; not enough for NMA?<br><br>Dr. Vitaly Chaban<br><br><br>&gt; I am unable to minimize a complex protein (Trimer-Trimer complex) to even less than Fmax=1.754e+00.<br>&gt;<br>&gt; I tried few tricks like performing MD for few steps etc, but it does not yield any results.<br>&gt;<br>&gt; I am sure there must be a way out. Can you please advice.<br>&gt;<br>&gt; Thanks for your attention.<br>&gt;<br>&gt; nahren<br>&gt;<br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote></td></tr></table><br>