<br><br>----- Original Message -----<br>From: Jennifer Williams &lt;Jennifer.Williams@ed.ac.uk&gt;<br>Date: Wednesday, August 4, 2010 1:47<br>Subject: [gmx-users] Can I make make_ndx interactive?<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Is there some way of making the make_ndx file interactive so <br>&gt; that I can include it in a script?<br>&gt; <br>&gt; I would usually type in&nbsp; "a C_O and O_C" to select my atoms<br>&gt; <br>&gt; I've tried altering the example on the webpage for making <br>&gt; commands interactive:<br><br>That's for making commands *non*-interactive...<br>&gt; <br>&gt; make_ndx -flags &lt;&lt;EOF<br>&gt; a C_O OC<br>&gt; q<br>&gt; EOF -f nn_1.pdb<br>&gt; <br>&gt; but -flags doesn't seem to be recognized. Does anyone know a <br>&gt; work around?<br><br>&nbsp;-flags on the webpage indicates generically whatever flags you want to use... see the g_energy example there.<br><br>Mark<br><br>&gt; <br>&gt; Thanks<br>&gt; <br>&gt; Jenny<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; The University of Edinburgh is a charitable body, registered in<br>&gt; Scotland, with registration number SC005336.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww <br>&gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php