<br><br>----- Original Message -----<br>From: ms &lt;devicerandom@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, August 4, 2010 3:07<br>Subject: Re: [gmx-users] Required<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; On 03/08/10 17:32, Jafar Azamat wrote:<br>&gt; &gt;When the program runs by<br>&gt; &gt;"pdb2gmx" Option, the file X.top doesnot any information about force<br>&gt; &gt;constant X.pdb file and I enter informations handling in this file.<br>&gt; <br>&gt; Your question does not make any sense, can you try to rephrase it?<br>&gt; <br>&gt; &gt;In addition,How can I make in Gromacsa regular cluster <br>&gt; structure of a<br>&gt; &gt;molecule ?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;Whether by<br>&gt; &gt;g_cluster option? If this option could be to do this,<br>&gt; &gt;please help me to make a cluster structure from a adamantine <br>&gt; molecule in a<br>&gt; &gt;box<br>&gt; &gt;in sizes: x=10, y=10, z=10 an put 125 number from adamantane <br>&gt; mulecule( in<br>&gt; &gt;each<br>&gt; &gt;direction 5 molecule means 5*5*5and<br>&gt; &gt;distance every molecule of each other will be 1 nm) in this box.<br>&gt; <br>&gt; As far as I know, you can either try to use genbox with a <br>&gt; solvent different from water (i.e. your adamantane), or write a <br>&gt; script using editconf. You can find documentation online for both.<br><br>genconf is a better match for what the OP is trying to do.<br><br>Mark<br><br>&gt; g_cluster does a completely different thing (it clusters <br>&gt; together similar structures from a trajectory).<br>&gt; <br>&gt; cheers,<br>&gt; m.<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php