<br><br>----- Original Message -----<br>From: Nimesh Jain &lt;nimeshjain2010@u.northwestern.edu&gt;<br>Date: Wednesday, August 4, 2010 1:48<br>Subject: Re: [gmx-users] Problem in Replica Exchange<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>My time step is 1 fs. And the md0.log doesn't have anything about replica exchange which I suppose means that its not doing replica exchange.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In my other simulation, (100 ns duration and 1 fs time step), replica exchange is initialized but the exchange frequency is 10^9 (so I am not actually doing a replica exchange, but I have the conditions for that.) <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Is it possible that the parallel replicas can go to different time steps during the simulation if the simulation is a replica exchange one but no exchanges are attempted during the duration of the simulation.<br><br>The simulations are independent until exchange attempts occur, at which point they must communicate. So in principle, they could get out of step, but (in typical cases) not by very much. If you run the replica .tprs as non-replica simulations, you ought to see them all complete at about the same time.<br><br>I/O buffering can introduce a source of apparent asynchronicity. If a multiple simulation terminates unexpectedly, some files may have been flushed more recently than others, and give the appearance of longer progress.<br><br>Mark<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks for the help. All suggestions were really helpful.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Nimesh<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On Tue, Aug 3, 2010 at 10:23 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=spoel@xray.bmc.uu.se')">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> <div class="im"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On 2010-08-03 17.17, Nimesh Jain wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> And the simulation is for 100ns.<br> </blockquote></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> So you are trying exchanges ecery 2 ns (assuming 2 fs timestep). That is rather long. If you check the file md0.log you can see whether the repl. exch. code is initialized at all. If that is the case then I guess you are seeing output file buffering (check dates on your files: the shorter ones should be older). If not something else is wrong.<br>  <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> On Tue, Aug 3, 2010 at 10:17 AM, Nimesh Jain<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> &lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=nimeshjain2010@u.northwestern.edu')" target="1">nimeshjain2010@u.northwestern.edu</a><br></div><div class="im"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> &lt;mailto:<a href="javascript:main.compose('new', 't=nimeshjain2010@u.northwestern.edu')" target="1">nimeshjain2010@u.northwestern.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;mdrun command I am using: (I have a shell script that adds jobs on<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;the server) Following are the contents of that:<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;#!/bin/bash<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;#<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;#$ -cwd<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;#$ -j y<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;#$ -S /bin/bash<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;#$ -pe mpi 8<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;echo $TMP &gt; info1<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;unset SGE_ROOT<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;cp $TMP/machines .<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;MPI_DIR=/opt/openmpi/<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;$MPI_DIR/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $PWD/machines \<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /share/apps/gromacs-4.0.5/bin/mdrun_mpi \<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -s topol_.tpr -multi 8 -pd replex 1000000<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;Thanks,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;Nimesh<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;On Tue, Aug 3, 2010 at 10:11 AM, David van der Spoel<br></div><div class="im"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=spoel@xray.bmc.uu.se')" target="1">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="javascript:main.compose('new', 't=spoel@xray.bmc.uu.se')" target="1">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;On 2010-08-03 17.08, Nimesh Jain wrote:<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hi,<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I am doing a replica exchange simulation with 8 replicas. I<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;was looking<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;at my data and I observed that a couple of replicas are<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;around 10 and 20<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ns ahead of everything else. Is it normal or is this wrong ?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please let me know.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thanks,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Nimesh<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;What frequency of exchange do you use?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please give mdrun command line<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;--<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205.<br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=spoel@xray.bmc.uu.se')" target="1">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="javascript:main.compose('new', 't=spoel@xray.bmc.uu.se')" target="1">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<div class="im"><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://folding.bmc.uu.se" target="1">http://folding.bmc.uu.se</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;--<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')" target="1">gmx-users@gromacs.org</a><br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')" target="1">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="1">http://www.gromacs.org/search</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')" target="1">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')" target="1">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="1">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> --<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Nimesh Jain<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Graduate Student<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Biomedical Engineering<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Northwestern University<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </div></blockquote><div><div></div><div class="h5"> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> -- <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205.<br> <a href="javascript:main.compose('new', 't=spoel@xray.bmc.uu.se')" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>spoel@xray.bmc.uu.se</a> &nbsp; &nbsp;<a href="http://folding.bmc.uu.se" target="1">http://folding.bmc.uu.se</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> -- <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')" target="1">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="1">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')" target="1">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="1">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> </div></div></blockquote></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br clear="all"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-- <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Nimesh Jain<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Graduate Student<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Biomedical Engineering<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Northwestern University<br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php