<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi everyone. &nbsp;I'm doing a simulation of a protein aggregate with 3 proteins. &nbsp;Ideally, I would like to constrain the distance between the center of mass of peptide 1 and the COM of peptide 2, and also constrain the distance between the combined COM of peptides 1 &amp; 2, with the COM of peptide 3. &nbsp;The pull code only allows constraints between the reference group and other groups, as far as I know.<div><br></div><div>Using constraints in the topology only allows constraints between atoms, not COM's. &nbsp;This is not ideal for me, but might be acceptable. &nbsp;However, constraints are only allowed within a single molecule.</div><div><br></div><div>Does anyone know how to deal with this problem? &nbsp;Thanks a lot.</div></td></tr></table><br>