Let me explain.<br><br> Consider the channel of a membrane protein, r57 is a residue at the extracellular loop in this channel. I docked my ligand to the start of the channel. ie; just below the r57. (Here the I have not started from the solvent, but at the mouth of the channel , just below r 57..) Then I pulled the ligand through the channel(parameters as in the first mail). ie; pulled in such a way that, initially  ligand was just below r57, then moved away from r57.<br>
<br>Plz check some data from the pullx file.<br><br>0.0000    7.74891    -0.754818<br>0.0200    7.74388    -0.754379<br>0.0400    7.73726    -0.752573<br>0.0600    7.73032    -0.756692<br>0.0800    7.72422    -0.747781<br>
0.1000    7.72041    -0.754858<br>0.1200    7.71691    -0.744501<br>..............................................<br>..............................................<br>..............................................<br>1099.8601    8.45571    5.46432<br>
1099.8800    8.45551    -5.46076<br>1099.9000    8.45817    -5.46827<br>1099.9200    8.46075    5.46829<br>1099.9401    8.46317    -5.46782<br>1099.9601    8.46545    5.46577<br>1099.9801    8.46565    -5.47014<br>1100.0000    8.46651    5.46001<br>
<br>Thanks,<br>Aswathy<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 5, 2010 at 4:28 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Aswathy wrote:<div><div></div><div class="h5"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
On Wed, Aug 4, 2010 at 4:31 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Aswathy wrote:<br>
<br>
        Dear Gromacs users,<br>
<br>
        I am doing SMD of a ligand pathway, and then want ot do the PMF<br>
        analysis. Initially I pulled the ligand from extra to<br>
        intracellular side of the protein. The pull code used are given<br>
        below.<br>
<br>
        pull                     = umbrella<br>
        pull_geometry            = distance<br>
        pull_dim                 =  N N Y<br>
        pull_start               = yes<br>
        pull_nstxout             =  10<br>
        pull_nstfout             =  10<br>
        pull_ngroups             =  1<br>
        pull_group0              =  r_57<br>
        pull_group1              =  r_C1<br>
        pull_rate1               =  0.005<br>
        pull_k1                  =  1000<br>
<br>
        here group0 is one residue at the extracellular region and r_C1<br>
        is the side chain Carbon atom of the ligand.<br>
<br>
        My question is , the total length of the channel is almost 40<br>
        Angstrom and as per my knowledge, when we did the pulling the<br>
        pullx file will give the coordinate of the ligand through the<br>
        channel.<br>
<br>
<br>
    Not quite.  Look at the data labels in the .xvg file.  The pullx<br>
    file contains the coordinates (in all of the pull directions) for<br>
    the reference group, and then the distance between the reference and<br>
    the pull group along all pull axes.<br>
<br>
I am still confused.   I have measured the distance between the reference group(residue outside) to the other end of the channel. that is around 40Angstrom. if so, 1dz should give around 40 Angstrom? Because  once the pulling completed,  the distance between group0 and group1 , should be equal to the length of the channel.<br>

<br>
</blockquote>
<br></div></div>
I guess I still don&#39;t understand your setup.  Are you pulling a ligand through a a channel and then beyond the reference group, out into some solvent?  Or are you just pulling the length of the channel, such that the ligand never exits the channel.<br>

<br>
If you&#39;re pulling through the entire channel and then out into the solvent, the sign of dZ is going to change.  It might help if you post the first few output lines of pullx.xvg (not the headers and stuff, the actual data), as well as the last few.  That way I can understand exactly what you&#39;re dealing with.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Sorry that i am repeating the same query, i think I am still preconceived about this. Otherwise could you please suggest some good tutorial for the same . I will read that.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
There is a pulling tutorial on the Gromacs website, but nothing that deals with what you&#39;re doing.  Tutorials are designed to generally guide the user through a larger procedure, not explain every small piece of analysis.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
<br>
        Even though ligand reaches the opposite end of the channel, in<br>
        pullx file I am getting around 19 Angstrom in total.<br>
<br>
        Again I calculate the g_dist of the ligand and the center of the<br>
        channel, it shows around 40 Ang in total . Please find the links<br>
        provided<br>
<br>
<br>
    You&#39;re measuring two different things.  The pullx distance is given<br>
    relative to your pull_group0, which you said is a residue on one<br>
    side of the channel.  Then you&#39;re using g_dist to measure to the<br>
    center of the channel.<br>
<br>
        Am I misunderstanding anything about the pullx file.<br>
<br>
        Could you please suggest me where thing get wrong?<br>
<br>
        <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6N2IyNjNhM2UtMzRiZC00MTJmLTg5ODItODJlMzQ5YTM3OGMy&amp;hl=en" target="_blank">http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6N2IyNjNhM2UtMzRiZC00MTJmLTg5ODItODJlMzQ5YTM3OGMy&amp;hl=en</a><br>

        &lt;<a href="http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6N2IyNjNhM2UtMzRiZC00MTJmLTg5ODItODJlMzQ5YTM3OGMy&amp;hl=en" target="_blank">http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6N2IyNjNhM2UtMzRiZC00MTJmLTg5ODItODJlMzQ5YTM3OGMy&amp;hl=en</a>&gt;<br>

        &lt;<a href="http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6N2IyNjNhM2UtMzRiZC00MTJmLTg5ODItODJlMzQ5YTM3OGMy&amp;hl=en" target="_blank">http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6N2IyNjNhM2UtMzRiZC00MTJmLTg5ODItODJlMzQ5YTM3OGMy&amp;hl=en</a><br>

        &lt;<a href="http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6N2IyNjNhM2UtMzRiZC00MTJmLTg5ODItODJlMzQ5YTM3OGMy&amp;hl=en" target="_blank">http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6N2IyNjNhM2UtMzRiZC00MTJmLTg5ODItODJlMzQ5YTM3OGMy&amp;hl=en</a>&gt;&gt;<br>

<br>
        <a href="http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6ZWRlZGJkOTgtMGEwYi00MzE0LThiZTEtM2JjNmJkMWU5NDYy&amp;hl=en" target="_blank">http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6ZWRlZGJkOTgtMGEwYi00MzE0LThiZTEtM2JjNmJkMWU5NDYy&amp;hl=en</a><br>

        &lt;<a href="http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6ZWRlZGJkOTgtMGEwYi00MzE0LThiZTEtM2JjNmJkMWU5NDYy&amp;hl=en" target="_blank">http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6ZWRlZGJkOTgtMGEwYi00MzE0LThiZTEtM2JjNmJkMWU5NDYy&amp;hl=en</a>&gt;<br>

        &lt;<a href="http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6ZWRlZGJkOTgtMGEwYi00MzE0LThiZTEtM2JjNmJkMWU5NDYy&amp;hl=en" target="_blank">http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6ZWRlZGJkOTgtMGEwYi00MzE0LThiZTEtM2JjNmJkMWU5NDYy&amp;hl=en</a><br>

        &lt;<a href="http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6ZWRlZGJkOTgtMGEwYi00MzE0LThiZTEtM2JjNmJkMWU5NDYy&amp;hl=en" target="_blank">http://docs.google.com/fileview?id=0B1PyTWWGrqt6ZWRlZGJkOTgtMGEwYi00MzE0LThiZTEtM2JjNmJkMWU5NDYy&amp;hl=en</a>&gt;&gt;<br>

<br>
<br>
    For some reason these documents are inaccessible.  It is probably<br>
    better to use a site like photobucket and post actual images.<br>
     Google is great, but not everyone has an account and I&#39;ve also been<br>
    told that their usage agreement is troubling, in that anything you<br>
    upload to Google Docs becomes property of Google.  Not something<br>
    I&#39;ve looked into, but I don&#39;t ever post my research data there.<br>
<br>
 <br>
    -Justin<br>
<br>
<br>
        Thank you,<br>
        --         -Aswathy<br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Aswathy<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Aswathy<br>