<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Thanks a lot for the help, that will do well enough, but require me to redo some things I did before. &nbsp;As far as you know there is no way to have multiple constraints using the center masses of the peptides? &nbsp;Thanks.<div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: 14px; line-height: 16px; "><br></span></div><div><meta charset="utf-8"><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: 14px; line-height: 16px; ">_________</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: 14px; line-height: 16px; ">One thing which you could do is to write your three proteins into one&nbsp;molecule definition (if you use .itp files, then make one .itp for all&nbsp;three). Then at the end of the molecule definition you can add the&nbsp;constraints.<br
 style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">To merge the three proteins is rather easy but cumbersome, you must&nbsp;shift all the atom numbers of the second and third protein. So if each&nbsp;protein would have 100 atoms, protein2 would start with atom 101.&nbsp;depending how big your proteins are it could be better to write a script&nbsp;which merges the three proteins instead of doing it by hand.<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; "><br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">Greetings<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">Thomas</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: 14px; line-height: 16px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family:
 monospace; font-size: 14px; line-height: 16px; ">___________________</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: 14px; line-height: 16px; "><meta charset="utf-8">Or just re-create the topology with pdb2gmx -merge.<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; "><br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">-Justin<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; "></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: 14px; line-height: 16px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: 14px; line-height: 16px; ">___________________</span></div></td></tr></table><br>