<br><br>----- Original Message -----<br>From: NG HUI WEN &lt;HuiWen.Ng@nottingham.edu.my&gt;<br>Date: Monday, August 9, 2010 13:17<br>Subject: [gmx-users] Large output files and limited disk space. How do I        handle them?<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><span dir="ltr"><p> <meta content="text/html; charset=unicode" http-equiv="Content-Type"> <meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.7600.16588"><table><tbody><tr><td><p> </p><div><font color="#000000" face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear gmxusers,</font></div> <div><font face="Arial" size="2"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have a very basic question here which I hope someone could help me with. I was running a couple of simulations over the weekend on a shared cluster and both came to a stop for the same reasons:</font></div> <div><font face="Arial" size="2"> <div dir="ltr"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div dir="ltr"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.7<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Source code file: trnio.c, line: 252</div> <div dir="ltr"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>File input/output error:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Cannot write trajectory frame; maybe you are out of quota?</div> <div dir="ltr"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div></font></div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Indeed&nbsp;there were quite a number of large files in my user directory&nbsp;(e.g. the&nbsp;.trr files and etc).&nbsp;I&nbsp;think the problems probably arise from the fact that (i)&nbsp;I am storing my trajectory as full precision .trr files and (ii) setting too small a value for nstxout and nstvout in&nbsp;.mdp.&nbsp;</font></div> <div><font face="Arial" size="2"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have seen some tutorials that suggested using "trjconv" to derive the reduced precision&nbsp;.xtc files from the .trr files and then discard the latter. My question is, would this be wise as I am not sure&nbsp;whether I would find myself needing these .trr&nbsp;files in the future.</font></div> <div><font face="Arial" size="2"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font face="Arial" size="2"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Here's a snippet of my .mdp file. Am I saving my coordinates and velocities too frequently? If I were to increase this, are there any compelling factors that I need to take into considerations?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; Run parameters<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; leap-frog integrator<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns)<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 fs<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; Output control<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save coordinates every 0.2 ps<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save velocities every 0.2 ps<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save energies every 0.2 ps<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; update log file every 0.2 ps<br><br></font>See  http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Reducing_Trajectory_Storage_Volume<br><br>Unless you know you need full precision data for some expected  analyses, I'd expect most people want nstxout/nstvout every few  nanoseconds to enable restarts (possible, but unlikely to be needed).  For most analyses, using nstxtcout with suitable output groups is at  least an order of magnitude more space-efficient. Also consider how  large nstenergy should be.<br><br>Mark</div></td></tr></tbody></table></p></span>