<br><br>----- Original Message -----<br>From: Jussi Lehtola &lt;jussi.lehtola@helsinki.fi&gt;<br>Date: Wednesday, August 11, 2010 21:04<br>Subject: Re: [gmx-users] New beta release: 4.5-beta3<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; On Tue, 10 Aug 2010 21:24:50 +0200<br>&gt; Rossen Apostolov &lt;rossen.apostolov@cbr.su.se&gt; wrote:<br>&gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; New beta release of gromacs is available for testing: <br>&gt; &gt; ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.5-beta3.tar.gz.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Many bugs have been fixed in this release, mainly double <br>&gt; precision <br>&gt; &gt; support with icc compilers, SSE2. Have a look at the release <br>&gt; note on<br>&gt; &gt; the website for more details. There are still some issues on <br>&gt; Windows <br>&gt; &gt; platofrms that will be resolved before the final release.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Please try it out and see if it works as expected! Hopefully there<br>&gt; &gt; won't be many more betas :))<br>&gt; <br>&gt; I can't compile using CMake - I get undefined references to GSL<br>&gt; functions when compiling do_dssp. -lgsl seems to be missing from the<br>&gt; linker line.<br>&gt; <br>&gt; Another issue is that the CMake build scripts do not seem to honor<br>&gt; CFLAGS. The string "-fomit-frame-pointer -finline-functions<br>&gt; -funroll-all-loops&nbsp; -O3 -DNDEBUG" is added to the end of <br>&gt; the flags,<br>&gt; which causes a problem since the optimization settings are overruled.<br>&gt; <br>&gt; Plus, I think there should be some kind of minimal readme for usage<br>&gt; with CMake.<br><br>Agreed - I asked for that a while ago, and Rossen put some info here http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Cmake<br><br>Mark