<br><br>----- Original Message -----<br>From: Da-Wei Li &lt;lidawei@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, August 11, 2010 6:23<br>Subject: Re: [gmx-users] New beta release: 4.5-beta3<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi,all<br>&gt; <br>&gt; Unfortunately, it still crash. Here it is the output of mdrun. Both<br>&gt; Gromacs-4.0.7 and non-parallel 4.5b3 work fine on this system. I use<br>&gt; mvapich2 and intel compiler.<br><br>MPICH variants are known to cause problems. Try OpenMPI.<br><br>Mark<br>&nbsp;<br>&gt; ***************************<br>&gt; Getting Loaded...<br>&gt; Reading file em.tpr, VERSION 4.5-beta3 (single precision)<br>&gt; Loaded with Money<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Will use 9 particle-particle and 7 PME only nodes<br>&gt; This is a guess, check the performance at the end of the log file<br>&gt; Making 1D domain decomposition 9 x 1 x 1<br>&gt; <br>&gt; Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.4#<br>&gt; <br>&gt; Back Off! I just backed up em.edr to ./#em.edr.4#<br>&gt; <br>&gt; Steepest Descents:<br>&gt; &nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.00000e+03<br>&gt; &nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50000<br>&gt; rank 9 in job 1&nbsp; hpc-8-6.local_58777&nbsp;&nbsp; caused <br>&gt; collective abort of all ranks<br>&gt; &nbsp; exit status of rank 9: killed by signal 9<br>&gt; <br>&gt; *******************************<br>&gt; <br>&gt; dawei<br>&gt; <br>&gt; On Tue, Aug 10, 2010 at 3:24 PM, Rossen Apostolov<br>&gt; &lt;rossen.apostolov@cbr.su.se&gt; wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; New beta release of gromacs is available for testing:<br>&gt; &gt; ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.5-beta3.tar.gz.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Many bugs have been fixed in this release, mainly double <br>&gt; precision support<br>&gt; &gt; with icc compilers, SSE2. Have a look at the release note on <br>&gt; the website for<br>&gt; &gt; more details. There are still some issues on Windows platofrms <br>&gt; that will be<br>&gt; &gt; resolved before the final release.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Please try it out and see if it works as expected! Hopefully <br>&gt; there won't be<br>&gt; &gt; many more betas :))<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Rossen<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface<br>&gt; &gt; or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php