Well, no. I got a 20GB log file when nstlog was 1000. When I changed it to 10000, the log file was about 1 MB after a few minutes of simulation which means that it will be in GBs in a few days.<br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Aug 11, 2010 at 10:49 AM, Gaurav Goel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gauravgoeluta@gmail.com">gauravgoeluta@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
You&#39;ve set the frequency of writing to log file as &#39;nstlog                   = 100000&#39;. <br>Given that &#39;nsteps                   = 100000000&#39;, you&#39;re writing to the log file only 1000 times. Do you get a 20GB md.log file with these settings?<br>
<font color="#888888">
<br>-Gaurav<br><br></font><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="h5">On Wed, Aug 11, 2010 at 10:52 AM, Nimesh Jain <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nimeshjain2010@u.northwestern.edu" target="_blank">nimeshjain2010@u.northwestern.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
Hi,<br><br>I am having some problem in my simulations related to log files. The file sizes are enormous, its like after 3 days of simulation I had a 20 GB md.log file. One of my grompps looks like this:<br>[tau_t is very low because I am using bd and it doesn&#39;t work otherwise]. [I am doing a replica exchange with 10,000 as exchange frequency]<br>


<br><br>include                  =<br>define                   =<br>integrator               = bd<br>tinit                    = 0<br>dt                       = 0.001<br>nsteps                   = 100000000 ;100000<br>simulation_part          = 1<br>


init_step                = 0<br>comm-mode                = Angular<br>nstcomm                  = 1<br>comm-grps                =<br><br><br>emtol                    = 0.01<br>emstep                   = 1.5<br><br>nstxout                  = 10000<br>


nstvout                  = 10000<br>nstfout                  = 10000<br><br>nstlog                   = 100000<br>nstenergy                = 1000<br><br>nstxtcout                = 1000<br>xtc-precision            = 1000<br>


<br>xtc-grps                 =<br>energygrps               =<br><br>ns_type                  = grid<br>pbc                      = xyz<br>periodic_molecules       = no<br><br>rlist                    = 8.95<br><br>coulombtype              = user<br>


rcoulomb-switch          = 0<br>rcoulomb                 = 8.95<br><br>epsilon-r                = 1<br><br>vdw-type                 = user  ;cutoff<br>rvdw-switch              = 0<br>rvdw                     = 8.95<br>DispCorr                 = No<br>


table-extension          = 1<br>; Seperate tables between energy group pairs<br>energygrps               = A T G C P260 SA SB<br><br>energygrp_table          = A A  A T  A G  A C  A P260  A SA  A SB  T T  T G  T C  T P260  T S<br>


A  T SB  G G  G C  G P260  G SA  G SB  C C  C P260  C SA  C SB  P260 P260  P260 SA  P260 SB<br>SA SA  SA SB  SB SB<br><br>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>fourierspacing           = 0.10<br><br>Tcoupl                   = Nose-Hoover<br>


tc-grps                  = System<br>tau_t                    = 0.0001<br>ref_t                    = 260.00<br><br>Pcoupl                   = No<br><br>andersen_seed            = 815131<br><br>gen_vel                  = yes<br>


gen_temp                 = 260.0000<br>gen_seed                 = 1993<br><br>; ENERGY GROUP EXCLUSIONS<br>; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded<br>energygrp_excl           =<br><br>

<br>
<br>Please let me know if anyone knows whats the problem.<br><br>Thanks,<br><font color="#888888">Nimesh<br>
</font><br></div></div><div class="im">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote></div><br>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Nimesh Jain<br>Graduate Student<br>
Biomedical Engineering<br>Northwestern University<br>