<br><br>----- Original Message -----<br>From: sanjay23@iitb.ac.in<br>Date: Wednesday, August 11, 2010 15:31<br>Subject: [gmx-users] dimer simulation<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Dear gmx-users<br>&gt; I want to simulate a protein which biological function defined <br>&gt; by dimer<br>&gt; formation. I need to simulate this protein in dimer as well as in<br>&gt; monomeric form to solve my objectives. I am using Gromacs-4.0.4 for<br>&gt; simulation. I have a doubt, is there any specific parameters for dimer<br>&gt; simulation or we have to use similar parameters like monomer protein<br>&gt; simulation. I read some literature's on dimer simulation but <br>&gt; they are<br>&gt; using similar parameters like monomer.<br><br>Making ad hoc changes to force fields just asks for trouble. Needing to ask whether you should make changes to force fields guarantees it :-) See http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Force_Fields<br><br>There's nothing magic about protein dimerization by comparison with any other protein-protein intra- or inter-molecular interaction. The same model physics should cope with them all.<br><br>Mark