Hi there,<div><br></div><div>I am using gromacs from git source with cmake on Mac SL with Fink.</div><div><br></div><div><div>~/Programmes/gromacs% git show </div><div>commit 86226a1a075a071920b0413aa7030545f8e6e282</div>
<div>Merge: b8f35b9 c903375</div><div>Author: Berk Hess <hess@csbl10.(none)></div><div>Date: Wed Aug 11 12:57:53 2010 +0200</div><div><br></div><div> Merge remote branch 'origin/release-4-5-patches'</div>
<div><br></div></div><div><br></div><div>If using the old way (after bootstrapping), everything goes fine with:</div><div><br></div><div>./configure CPPFLAGS=-I/sw/include LDFLAGS=-L/sw/lib --with-gsl --with-x</div><div>
<br>
</div><div>With cmake (cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=ON or OFF), although CMakeCache.txt seems to be correct, for example, I see:</div><div><br></div><div><div>//Path to a file.</div><div>FFTW3F_INCLUDE_DIR:PATH=/sw/include</div>
<div><br></div><div>//Path to a library.</div><div>FFTW3F_LIBRARIES:FILEPATH=/sw/lib/libfftw3f.dylib</div></div><div><br></div><div>(But have no idea if using gsl libs)</div><div><br></div><div>I got this error:</div><div>
<br></div><div>[ skip ]</div><div><div>Scanning dependencies of target grompp</div><div>[ 77%] Building C object src/kernel/CMakeFiles/grompp.dir/grompp.c.o</div><div>Linking C executable grompp</div><div>[ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_lie.c.o</div>
<div>Undefined symbols:</div><div> "_fftwf_plan_many_dft_r2c", referenced from:</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_plan_dft_r2c_2d", referenced from:</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_plan_dft_r2c_3d", referenced from:</div>
<div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> "_fftwf_malloc", referenced from:</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_execute_dft_c2r", referenced from:</div>
<div> _gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> "_fftwf_free", referenced from:</div><div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div>
_gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_execute_dft_r2c", referenced from:</div>
<div> _gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> "_fftwf_execute", referenced from:</div><div> _fft5d_execute in libmd.a(fft5d.c.o)</div><div> _fft5d_execute in libmd.a(fft5d.c.o)</div><div> "_fftwf_plan_dft_c2r_2d", referenced from:</div>
<div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> "_fftwf_plan_dft_c2r_3d", referenced from:</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_destroy_plan", referenced from:</div><div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_plan_many_dft", referenced from:</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_plan_guru_dft", referenced from:</div>
<div> _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)</div><div> "_fftwf_execute_dft", referenced from:</div><div> _gmx_fft_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_plan_guru_dft_c2r", referenced from:</div><div> _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)</div>
<div> "_fftwf_plan_dft_2d", referenced from:</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_plan_dft_3d", referenced from:</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> "_fftwf_plan_guru_dft_r2c", referenced from:</div><div> _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)</div>
<div> "_fftwf_plan_many_dft_c2r", referenced from:</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div>
<div> _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)</div><div>ld: symbol(s) not found</div><div>collect2: ld returned 1 exit status</div><div>make[2]: *** [src/kernel/grompp] Error 1</div><div>make[1]: *** [src/kernel/CMakeFiles/grompp.dir/all] Error 2</div>
<div>make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....</div><div>[ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_filter.c.o</div><div>[ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_gyrate.c.o</div></div>
<div>[ skip ]</div><div><div>[ 85%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_membed.c.o</div><div>Linking C static library libgmxana.a</div><div>[ 85%] Built target gmxana</div><div>make: *** [all] Error 2</div>
</div><div><br></div><div>Any help would be appreciated, many thanks,</div><div><br></div><div>Alan</div><div><br>--<br>Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate<br>Department of Biochemistry, University of Cambridge. <br>
80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.<br>>><a href="http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28">http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28</a><<<br>
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