<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>This could be due to problems with MPICH.<br>Could you please try openmpi and report back?<br><br>Thanks,<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">From: sht_ycw79@hotmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Wed, 11 Aug 2010 18:09:00 +0900<br>Subject: [gmx-users] Replica Exchange problem in gmx-4.5 beta3 <br><br>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=unicode">
<meta name="Generator" content="Microsoft SafeHTML">



<div><font face="??" size="2">Hello!</font></div>
<div><font face="??" size="2">I'm doing a simple REMD test with 4 
replicas.</font></div>
<div><font face="??" size="2">Time step : 2 fs</font></div>
<div><font face="??" size="2">Exchange : every 500fs</font></div>
<div><font face="??" size="2"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="??" size="2">md_0.tpr md_1.tpr md_2.tpr md_3.tpr </font></div>
<div><font face="??" size="2"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="??" size="2">mpiexec(or mpirun)&nbsp;-np 4 mdrun_mpi_d -deffnm md_ 
-multi 4 -replex 200</font></div>
<div>&nbsp;<font face="??" size="2">I got a error message.</font></div>
<div><font face="??" size="2"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="??" size="2">##error##</font></div>
<div><font face="??" size="2">1000000 steps,&nbsp;&nbsp; 2000.0 ps.<br>step 600 rank 
3 in job 10&nbsp; localhost.localdomain_50305&nbsp;&nbsp; caused collective 
abort of all ranks<br>&nbsp; exit status of rank 3: killed by signal 11 <br>rank 
2 in job 10&nbsp; localhost.localdomain_50305&nbsp;&nbsp; caused collective 
abort of all ranks<br>&nbsp; exit status of rank 2: killed by signal 11 
</font></div>
<div><font face="??" size="2"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="??" size="2">Using gmx4.0.7 , It works fine.</font></div>
<div><font face="??" size="2">Is this bug in gmx-4.5 beta ?</font></div>
<div><font face="??" size="2">In log files, no error message were 
found.</font></div>
<div><font face="??" size="2">gmx-4.5 beta3 was compiled with icc 11.0</font></div>
<div><font face="??" size="2">and mpich2-1.2.1p1.</font></div>
<div><font face="??"><br><font size="2"></font></font></div>
<br>-- 
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php                                               </body>
</html>