Hello everyone<br><br>I am trying to set up a nucleic acid only simulation using gromacs 4.5.2<br><br>pdb2gmx is giving me only options to cap protein terminals and when I choose none it gives the error:<br><br>&quot;There is a dangling bond at at least one of the terminal ends. Select a proper terminal entry.&quot;<br>
<br>and exits.<br><br>below is the program output.<br><br>Alpay<br><br><br>452pdb2gmx -f chr13_115016196_gaa_3loop_h.pdb -o conf.pdb -p -inter<br>                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:<br><br>                   Good gRace! Old Maple Actually Chews Slate<br>
<br>                          :-)  VERSION 4.5-beta2  (-:<br><br><br>      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>            check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br><br>         This program is free software; you can redistribute it and/or<br>
          modify it under the terms of the GNU General Public License<br>         as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>             of the License, or (at your option) any later version.<br><br>
                    :-)  452pdb2gmx (double precision)  (-:<br><br>Option     Filename  Type         Description<br>------------------------------------------------------------<br>  -f chr13_115016196_gaa_3loop_h.pdb  Input        Structure file: gro g96<br>
                                   pdb tpr etc.<br>  -o       conf.pdb  Output       Structure file: gro g96 pdb etc.<br>  -p      topol.top  Output       Topology file<br>  -i      posre.itp  Output       Include file for topology<br>
  -n      clean.ndx  Output, Opt. Index file<br>  -q      clean.pdb  Output, Opt. Structure file: gro g96 pdb etc.<br><br>Option       Type   Value   Description<br>------------------------------------------------------<br>
-[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>-[no]version bool   no      Print version info and quit<br>-nice        int    0       Set the nicelevel<br>-[no]cwd     bool   no      Also read force field files from the current<br>
                            working directory<br>-[no]rtpo    bool   no      Allow an entry in a local rtp file to override a<br>                            library rtp entry<br>-chainsep    enum   id_or_ter  Condition in PDB files when a new chain should<br>
                            be started: id_or_ter, id_and_ter, ter, id or<br>                            interactive<br>-ff          string select  Force field, interactive by default. Use -h for<br>                            information.<br>
-water       enum   select  Water model to use: select, none, spc, spce,<br>                            tip3p, tip4p or tip5p<br>-[no]inter   bool   yes     Set the next 8 options to interactive<br>-[no]ss      bool   no      Interactive SS bridge selection<br>
-[no]ter     bool   no      Interactive termini selection, iso charged<br>-[no]lys     bool   no      Interactive Lysine selection, iso charged<br>-[no]arg     bool   no      Interactive Arganine selection, iso charged<br>
-[no]asp     bool   no      Interactive Aspartic Acid selection, iso charged<br>-[no]glu     bool   no      Interactive Glutamic Acid selection, iso charged<br>-[no]gln     bool   no      Interactive Glutamine selection, iso neutral<br>
-[no]his     bool   no      Interactive Histidine selection, iso checking<br>                            H-bonds<br>-angle       real   135     Minimum hydrogen-donor-acceptor angle for a<br>                            H-bond (degrees)<br>
-dist        real   0.3     Maximum donor-acceptor distance for a H-bond (nm)<br>-[no]una     bool   no      Select aromatic rings with united CH atoms on<br>                            Phenylalanine, Tryptophane and Tyrosine<br>
-[no]ignh    bool   no      Ignore hydrogen atoms that are in the pdb file<br>-[no]missing bool   no      Continue when atoms are missing, dangerous<br>-[no]v       bool   no      Be slightly more verbose in messages<br>-posrefc     real   1000    Force constant for position restraints<br>
-vsite       enum   none    Convert atoms to virtual sites: none, hydrogens<br>                            or aromatics<br>-[no]heavyh  bool   no      Make hydrogen atoms heavy<br>-[no]deuterate bool no      Change the mass of hydrogens to 2 amu<br>
-[no]chargegrp bool yes     Use charge groups in the rtp file<br>-[no]cmap    bool   yes     Use cmap torsions (if enabled in the rtp file)<br>-[no]renum   bool   no      Renumber the residues consecutively in the output<br>
-[no]rtpres  bool   no      Use rtp entry names as residue names<br><br><br>Select the Force Field:<br> 1: AMBER03_TEST_ONLY_DO_NOT_USE_FOR_PRODUCTION<br> 2: AMBER94_TEST_ONLY_DO_NOT_USE_FOR_PRODUCTION<br> 3: AMBER96_TEST_ONLY_DO_NOT_USE_FOR_PRODUCTION<br>
 4: AMBER99_TEST_ONLY_DO_NOT_USE_FOR_PRODUCTION<br> 5: AMBER99SB-ILDN_TEST_ONLY_DO_NOT_USE_FOR_PRODUCTION<br> 6: AMBER99SB_TEST_ONLY_DO_NOT_USE_FOR_PRODUCTION<br> 7: AMBERGS_TEST_ONLY_DO_NOT_USE_FOR_PRODUCTION<br> 8: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0beta<br>
 9: GROMOS96 43a1 force field<br>10: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)<br>11: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)<br>12: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<br>13: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<br>
14: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<br>15: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges<br>16: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges<br>
17: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)<br>18: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR<br>13<br><br>Using the Gromos53a6 force field in directory /users/n2000546794/temizna/gromacs.4.5.b2/share/gromacs/top/gromos53a6.ff<br>
<br>Opening force field file /users/n2000546794/temizna/gromacs.4.5.b2/share/gromacs/top/gromos53a6.ff/watermodels.dat<br><br>Select the Water Model:<br> 1: SPC    simple point charge, recommended<br> 2: SPC/E  extended simple point charge<br>
 3: None<br>1<br>Opening force field file /users/n2000546794/temizna/gromacs.4.5.b2/share/gromacs/top/gromos53a6.ff/aminoacids.r2b<br>Reading chr13_115016196_gaa_3loop_h.pdb...<br>Read 636 atoms<br>Analyzing pdb file<br>Splitting PDB chains based on TER records or changing chain id.<br>
There are 1 chains and 0 blocks of water and 27 residues with 636 atoms<br><br>  chain  #res #atoms<br>  1 &#39;A&#39;    27    636  <br><br>WARNING: there were 55 atoms with zero occupancy and 0 atoms with<br>         occupancy unequal to one (out of 636 atoms). Check your pdb file.<br>
Opening force field file /users/n2000546794/temizna/gromacs.4.5.b2/share/gromacs/top/gromos53a6.ff/atomtypes.atp<br>Atomtype 1<br>Reading residue database... (gromos53a6)<br>Opening force field file /users/n2000546794/temizna/gromacs.4.5.b2/share/gromacs/top/gromos53a6.ff/aminoacids.rtp<br>
Using default: not generating all possible dihedrals<br>Using default: excluding 3 bonded neighbors<br>Using default: generating 1,4 H--H interactions<br>Using default: removing impropers on same bond as a proper<br>Residue 108<br>
Sorting it all out...<br>Opening force field file /users/n2000546794/temizna/gromacs.4.5.b2/share/gromacs/top/gromos53a6.ff/aminoacids.hdb<br>Opening force field file /users/n2000546794/temizna/gromacs.4.5.b2/share/gromacs/top/gromos53a6.ff/aminoacids.n.tdb<br>
Opening force field file /users/n2000546794/temizna/gromacs.4.5.b2/share/gromacs/top/gromos53a6.ff/aminoacids.c.tdb<br><br>Back Off! I just backed up topol.top to ./#topol.top.3#<br>Processing chain 1 &#39;A&#39; (636 atoms, 27 residues)<br>
Identified residue DC1 as a starting terminus.<br>Identified residue DG27 as a ending terminus.<br>7 out of 7 lines of specbond.dat converted successfully<br>Warning: &#39;DC&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DCYT&#39;<br>
Select start terminus type<br> 0: NH3+<br> 1: NH2<br> 2: None<br>2<br>Start terminus: None<br>Warning: &#39;DG&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DGUA&#39;<br>Select end terminus type<br> 0: COO-<br>
 1: COOH<br> 2: None<br>2<br>End terminus: None<br>Warning: &#39;DC&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DCYT&#39;<br>Warning: &#39;DC&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DCYT&#39;<br>
Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>
Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>Warning: &#39;DG&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DGUA&#39;<br>
Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>
Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>Warning: &#39;DG&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DGUA&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>
Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>
Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>Warning: &#39;DC&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DCYT&#39;<br>
Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>
Warning: &#39;DT&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DTHY&#39;<br>Warning: &#39;DA&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DADE&#39;<br>Warning: &#39;DG&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DGUA&#39;<br>
Warning: &#39;DG&#39; not found in residue topology database, trying to use &#39;DGUA&#39;<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program 452pdb2gmx, VERSION 4.5-beta2<br>Source code file: pdb2top.c, line: 887<br>
<br>Fatal error:<br>There is a dangling bond at at least one of the terminal ends. Select a proper terminal entry.<br>