<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=WordSection1>

<p class=MsoNormal>Hi gromacs users,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>I&#8217;m simulating a protein that consists of 5 domains. I
have calculated the whole protein&#8217;s backbone RMSD by entering &#8216;4&#8217;
twice.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Now, I would like to calculate the contribution of every domain
i.e. if the whole protein&#8217;s RMSD in the first frame is&nbsp; 1nm, then
how is this 1nm distributed between the 5 domains.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>I have created 5 groups in the index file of the backbone of
every domain and calculated the RMSD by first entering &#8216;4&#8217; in order
to fit the whole backbone and entered the domains backbone groups in the second
entry. (5 different calculations). The problem is that the values I get from
the domains do not add up to the whole backbone RMSD values!!! What am doing
wrong? <o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal>Thanks from advanced<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Chears<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal>Udi <o:p></o:p></p>

</div>

</body>

</html>