Hi ALL,<div><br></div><div>I am trying to simulate a protein inserted in a lipid bilayer with water and ions, the entire system built using CG (coarse grain). I am using the Martini force field to the CGMD simulation. My question is that should I use the &quot;centre of mass removal&quot; component in my .mdp file (which we do for an all-atom protein + lipid simulation)? Should I use the below given parameters in my mdp file for this CGMD simulation:</div>
<div><br></div><div>-------------------------------------------------------------------------------------------------</div><div><div>; COM motion removal</div><div>; These options remove motion of the protein/bilayer relative to the solvent/ions</div>
<div>nstcomm<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 1</div><div>comm-mode<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= Linear</div><div>comm-grps<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= Protein_DSPC W</div>
</div><div>-------------------------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>Any suggestion is welcome. Thanks a lot in advance.</div><div><br></div><div><br></div>
<div>Regards,</div><div><br></div><div>Anirban</div>