<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div><div><div>On Aug 13, 2010, at 12:37 PM, Anirban Ghosh wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Thanks a lot XAvier. And if one wants to study the self assembly of a GPCR using CGMD (like you did for rhodopsin), should he/she use the same parameters for COM motion removal?&nbsp;</blockquote>I guess so :))<br><blockquote type="cite"><div><br></div><div><br></div><div>Regards,</div> <div><br></div><div>Anirban<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 13, 2010 at 3:18 PM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"> <div><div></div><div class="h5"><br> On Aug 13, 2010, at 10:00 AM, Anirban Ghosh wrote:<br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> Hi ALL,<br> <br> I am trying to simulate a protein inserted in a lipid bilayer with water and ions, the entire system built using CG (coarse grain). I am using the Martini force field to the CGMD simulation. My question is that should I use the "centre of mass removal" component in my .mdp file (which we do for an all-atom protein + lipid simulation)? Should I use the below given parameters in my mdp file for this CGMD simulation:<br> <br> -------------------------------------------------------------------------------------------------<br> ; COM motion removal<br> ; These options remove motion of the protein/bilayer relative to the solvent/ions<br> nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br> comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Linear<br> comm-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Protein_DSPC W<br> -------------------------------------------------------------------------------------------------<br> </blockquote></div></div> This is the way to go :))<br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"> <br> Any suggestion is welcome. Thanks a lot in advance.<br> <br> <br> Regards,<br> <br> Anirban<br></div> -- <br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> </blockquote> <br> -- <br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> </blockquote></div><br></div> -- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br></body></html>