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<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">

<div style="">&nbsp;Hi,<br>

<br>

The problem just like this, in md.log<br>

\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\<br>

There are: 130889 Atoms<br>

splitting topology...<br>

Walking down the molecule graph to make constraint-blocks<br>

There are 43925 charge group borders and 43271 shake borders<br>

There are 43271 total borders<br>

Division over nodes in atoms:<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9350<br>

Walking down the molecule graph to make constraint-blocks<br>

CPU=&nbsp; 0, lastcg= 3245, targetcg=25208, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CPU=&nbsp; 1, lastcg= 6361, targetcg=28324, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CPU=&nbsp; 2, lastcg= 9477, targetcg=31440, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CPU=&nbsp; 3, lastcg=12594, targetcg=34557, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CPU=&nbsp; 4, lastcg=15710, targetcg=37673, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CPU=&nbsp; 5, lastcg=18827, targetcg=40790, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CPU=&nbsp; 6, lastcg=21943, targetcg=43906, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

CPU=&nbsp; 7, lastcg=25060, targetcg= 3098, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

CPU=&nbsp; 8, lastcg=28176, targetcg= 6214, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

CPU=&nbsp; 9, lastcg=31293, targetcg= 9331, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

CPU= 10, lastcg=34409, targetcg=12447, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

CPU= 11, lastcg=37526, targetcg=15564, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

CPU= 12, lastcg=40642, targetcg=18680, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

CPU= 13, lastcg=43924, targetcg=21962, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

pd-&gt;shift =&nbsp;&nbsp; 8, pd-&gt;bshift=&nbsp; 0<br>

Division of bonded forces over processors<br>

CPU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; <br>

&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13<br>

G96ANGLES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2376&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

PDIHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 774&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

IDIHS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 852&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

LJ14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2436&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

CONSTR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1614&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

SETTLE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2586&nbsp; 3116&nbsp; 3116&nbsp; 3117&nbsp; 3116&nbsp; 3117&nbsp; 3116&nbsp; 3117&nbsp; 3116&nbsp; 3117&nbsp; 3116&nbsp; <br>

3117&nbsp; 3116&nbsp; 3034<br>

Workload division<br>

nnodes:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14<br>

pd-&gt;shift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

pd-&gt;bshift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

Nodeid&nbsp;&nbsp; atom0&nbsp;&nbsp; #atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cg0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #cg<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3246<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3246&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3116<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 18696&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6362&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3116<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 28044&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3117<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 37395&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp; 12595&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3116<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 46743&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp; 15711&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3117<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 56094&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp; 18828&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3116<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 65442&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp; 21944&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3117<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 74793&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp; 25061&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3116<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 84141&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp; 28177&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3117<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 93492&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp; 31294&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3116<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; 102840&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9351&nbsp;&nbsp; 34410&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3117<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; 112191&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9348&nbsp;&nbsp; 37527&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3116<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; 121539&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9350&nbsp;&nbsp; 40643&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3282<br>

<br>

Max number of connections per atom is 27<br>

Total number of connections is 32076<br>

Max number of graph edges per atom is 4<br>

Total number of graph edges is 13572<br>

Initial temperature: 303.113 K<br>

<br>

Started mdrun on node 0 Fri Aug 13 14:38:46 2010<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>

<br>

Grid: 10 x 45 x 10 cells<br>

&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.96784e&#43;03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.16372e&#43;03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.89996e&#43;02&nbsp;&nbsp; -1.07478e&#43;01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.63019e&#43;04<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (LR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RF excl.<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.11913e&#43;05&nbsp;&nbsp; -8.40005e&#43;03&nbsp;&nbsp; -2.19295e&#43;06&nbsp;&nbsp; -1.39523e&#43;04&nbsp;&nbsp; -3.36479e&#43;04<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>

&nbsp;&nbsp; -1.90563e&#43;06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.31599e&#43;05&nbsp;&nbsp; -1.57403e&#43;06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.04444e&#43;02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.07070e&#43;01<br>

&nbsp; Cons. rmsd ()<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.63140e-05<br>

\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\<br>

<br>

Nothing more at the end,<br>

I changed the 16 cores to 14 cores, still has the same problem. And when I checked the status, it showed me it's finished.

<br>

<br>

Thanks for any advice,<br>

<br>

lina<br>

<br>

<br>

</div>

</div>

</body>

</html>