Please file a Bugzilla, being sure to attach your .tpr files and be explicit about the GROMACS version.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: Changwon Yang &lt;sht_ycw79@hotmail.com&gt;<br>Date: Friday, August 13, 2010 14:15<br>Subject: [gmx-users] Re: gmx-users Digest, Vol 76, Issue 53<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; I tried openmpi v 1.3.3 <br>&gt; but, I got a same error.<br>&gt; &nbsp;mdrun_mpi -multi&nbsp; works fine. REMD has a problem.<br>&gt; <br>&gt; ## error message ##<br>&gt; <br>&gt; step 500, will finish Fri Aug 13 16:43:25 2010[localhost:20171] <br>&gt; *** Process received signal ***<br>&gt; [localhost:20172] *** Process received signal ***<br>&gt; [localhost:20172] Signal: Segmentation fault (11)<br>&gt; [localhost:20172] Signal code: Address not mapped (1)<br>&gt; [localhost:20172] Failing at address: (nil)<br>&gt; [localhost:20171] Signal: Segmentation fault (11)<br>&gt; [localhost:20171] Signal code: Address not mapped (1)<br>&gt; [localhost:20171] Failing at address: (nil)<br>&gt; [localhost:20172] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x36e9e0eb10]<br>&gt; [localhost:20172] [ 1] mdrun_mpi_d(replica_exchange+0x1136) [0x42a446]<br>&gt; [localhost:20172] [ 2] mdrun_mpi_d(do_md+0x48a8) [0x433ca8]<br>&gt; [localhost:20172] [ 3] mdrun_mpi_d(mdrunner+0x11f1) [0x42f181]<br>&gt; [localhost:20172] [ 4] mdrun_mpi_d(main+0x9f1) [0x438101]<br>&gt; [localhost:20172] [ 5] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4) <br>&gt; [0x36e921d994][localhost:20172] [ 6] mdrun_mpi_d [0x420359]<br>&gt; [localhost:20172] *** End of error message ***<br>&gt; [localhost:20171] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x36e9e0eb10]<br>&gt; [localhost:20171] [ 1] mdrun_mpi_d(replica_exchange+0x1136) [0x42a446]<br>&gt; [localhost:20171] [ 2] mdrun_mpi_d(do_md+0x48a8) [0x433ca8]<br>&gt; [localhost:20171] [ 3] mdrun_mpi_d(mdrunner+0x11f1) [0x42f181]<br>&gt; [localhost:20171] [ 4] mdrun_mpi_d(main+0x9f1) [0x438101]<br>&gt; [localhost:20171] [ 5] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4) <br>&gt; [0x36e921d994][localhost:20171] [ 6] mdrun_mpi_d [0x420359]<br>&gt; [localhost:20171] *** End of error message ***<br>&gt; -----------------------------------------------------------------<br>&gt; ---------<br>&gt; mpiexec noticed that process rank 2 with PID 20172 on node <br>&gt; localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).<br>&gt; -----------------------------------------------------------------<br>&gt; ---------<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; --------------------------------------------------<br>&gt; From: &lt;gmx-users-request@gromacs.org&gt;<br>&gt; Sent: Wednesday, August 11, 2010 7:00 PM<br>&gt; To: &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; Subject: gmx-users Digest, Vol 76, Issue 53<br>&gt; <br>&gt; &gt; Send gmx-users mailing list submissions to<br>&gt; &gt; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>&gt; &gt; gmx-users-request@gromacs.org<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; You can reach the person managing the list at<br>&gt; &gt; gmx-users-owner@gromacs.org<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>&gt; &gt; than "Re: Contents of gmx-users digest..."<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Today's Topics:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp; 1. RE: Replica Exchange problem in gmx-4.5 beta3 <br>&gt; (Berk Hess)<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ---------------------------------------------------------------<br>&gt; -------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Message: 1<br>&gt; &gt; Date: Wed, 11 Aug 2010 11:23:54 +0200<br>&gt; &gt; From: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>&gt; &gt; Subject: RE: [gmx-users] Replica Exchange problem in gmx-4.5 beta3<br>&gt; &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt; Message-ID: &lt;COL113-W4823E4BD1309887C9126078E960@phx.gbl&gt;<br>&gt; &gt; Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; This could be due to problems with MPICH.<br>&gt; &gt; Could you please try openmpi and report back?<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Thanks,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; From: sht_ycw79@hotmail.com<br>&gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; Date: Wed, 11 Aug 2010 18:09:00 +0900<br>&gt; &gt; Subject: [gmx-users] Replica Exchange problem in gmx-4.5 beta3 <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Hello!<br>&gt; &gt; I'm doing a simple REMD test with 4 <br>&gt; &gt; replicas.<br>&gt; &gt; Time step : 2 fs<br>&gt; &gt; Exchange : every 500fs<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; md_0.tpr md_1.tpr md_2.tpr md_3.tpr <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; mpiexec(or mpirun) -np 4 mdrun_mpi_d -deffnm md_ <br>&gt; &gt; -multi 4 -replex 200<br>&gt; &gt; I got a error message.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ##error##<br>&gt; &gt; 1000000 steps,&nbsp;&nbsp; 2000.0 ps.<br>&gt; &gt; step 600 rank <br>&gt; &gt; 3 in job 10&nbsp; localhost.localdomain_50305&nbsp;&nbsp; <br>&gt; caused collective <br>&gt; &gt; abort of all ranks<br>&gt; &gt;&nbsp; exit status of rank 3: killed by signal 11 <br>&gt; &gt; rank <br>&gt; &gt; 2 in job 10&nbsp; localhost.localdomain_50305&nbsp;&nbsp; <br>&gt; caused collective <br>&gt; &gt; abort of all ranks<br>&gt; &gt;&nbsp; exit status of rank 2: killed by signal 11 <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Using gmx4.0.7 , It works fine.<br>&gt; &gt; Is this bug in gmx-4.5 beta ?<br>&gt; &gt; In log files, no error message were <br>&gt; &gt; found.<br>&gt; &gt; gmx-4.5 beta3 was compiled with icc 11.0<br>&gt; &gt; and mpich2-1.2.1p1.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -- <br>&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read <br>&gt; http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &gt; -------------- next part --------------<br>&gt; &gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>&gt; &gt; URL: http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-<br>&gt; users/attachments/20100811/b4d58a9c/attachment-0001.html<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -- <br>&gt; &gt; gmx-users mailing list<br>&gt; &gt; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; End of gmx-users Digest, Vol 76, Issue 53<br>&gt; &gt; *****************************************<br>&gt; &gt; &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php