<font face="georgia,serif">i tried to protonation of all ionizable residues in protein,<br>but it comes with an error.<br><br><br>Select group to process:<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>

Group     0 (      System) has  2443 elements<br>Group     1 (     Protein) has  2443 elements<br>Group     2 (   Protein-H) has  2443 elements<br>Group     3 (     C-alpha) has   299 elements<br>Group     4 (    Backbone) has   897 elements<br>

Group     5 (   MainChain) has  1197 elements<br>Group     6 (MainChain+Cb) has  1482 elements<br>Group     7 ( MainChain+H) has  1197 elements<br>Group     8 (   SideChain) has  1246 elements<br>Group     9 ( SideChain-H) has  1246 elements<br>

Select a group: 1<br>Selected 1: &#39;Protein&#39;<br><br>Back Off! I just backed up prt_prot.pdb to ./#prt_prot.pdb.2#<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffgmx2.hdb<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffgmx2.atp<br>

Atomtype 1<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffgmx2-n.tdb<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffgmx2-c.tdb<br>WARNING: atom CD not found in residue 10 while adding atom<br>

<br>-------------------------------------------------------<br>Program protonate_mpi_d, VERSION 4.0.5<br>Source code file: genhydro.c, line: 304<br><br>Fatal error:<br>Atom CD not found in residue ILE10 while adding hydrogens<br>

-------------------------------------------------------<br><br><br><br clear="all"></font><br>-- <br><b><span style="font-family: garamond,serif;">Best Regards,</span><br style="font-family: garamond,serif;"></b><br><span style="font-family: georgia,serif;">B. Sarath Kumar, M.S (By Research), </span><br style="font-family: georgia,serif;">

<span style="font-family: georgia,serif;">Centre for Biotechnology,</span><br style="font-family: georgia,serif;"><span style="font-family: georgia,serif;">Anna University, Chennai.</span><br><br><br>