<br><br>
<div><span class="gmail_quote">On 8/14/10, <b class="gmail_sendername">pawan raghav</b> &lt;<a href="mailto:pwnrghv@gmail.com">pwnrghv@gmail.com</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>I have done PCA using first g_covar and got eigval.xvg and eigenvec.trr files. The eigenvectors were analyzed by g_anaeig program and got eigcomp.xvg, eigrmsf.xvg, proj.xvg, and 2dproj.xvg files. Then I want to know </div>

<div>1. Which file among these shows relative positional fluctuation with eigenvector index.</div>
<div>2. Probability distributions for the displacements along several eigenvectors.</div>
<div>3. Absolute values of the projections of the (normalized) extracted vectors.</div>
<div>4. Cumulative percentage of the motion  of a protein from eigvalues.xvg file<br clear="all"><br>-- <br><span class="sg">Pawan</span></div></blockquote></div>