Did you build a parallel GROMACS? If so, how? Do MPI test programs run?<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: Manik Mayur &lt;manik.mayur@gmail.com&gt;<br>Date: Saturday, August 14, 2010 15:14<br>Subject: [gmx-users] Parallel mdrun not working on gentoo linux<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi All,<br>&gt; <br>&gt; I am trying to build gromacs-4.0.7 on my gentoo box. My non-parallel<br>&gt; version of mdrun is working without any issues but when I try to run<br>&gt; the parallel version of mdrun, it kind of hangs (even no help info).<br>&gt; Some details-<br>&gt; <br>&gt; 1) $uname -a<br>&gt; Linux bingo 2.6.34-gentoo-r1 #7 SMP Fri Aug 13 10:18:23 IST 2010 i686<br>&gt; Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q8200 @ 2.33GHz GenuineIntel GNU/Linux<br>&gt; <br>&gt; 2) openmpi -version : 1.4.1 (through emerge)<br>&gt; <br>&gt; 3) $ ldd /usr/local/bin/mdrun_mpi<br>&gt;         linux-gate.so.1 =&gt;&nbsp; (0xb77f6000)<br>&gt;         libmd_mpi.so.5 =&gt; /usr/local/gromacs/lib/libmd_mpi.so.5 (0xb76ee000)<br>&gt;         libgmx_mpi.so.5 =&gt; /usr/local/gromacs/lib/libgmx_mpi.so.5 <br>&gt; (0xb7460000)        libxml2.so.2 =&gt; /usr/lib/libxml2.so.2 (0xb7321000)<br>&gt;         libz.so.1 =&gt; /lib/libz.so.1 (0xb730d000)<br>&gt;         libnsl.so.1 =&gt; /lib/libnsl.so.1 (0xb72f5000)<br>&gt;         libfftw3f.so.3 =&gt; /usr/lib/libfftw3f.so.3 (0xb71b2000)<br>&gt;         libm.so.6 =&gt; /lib/libm.so.6 (0xb718d000)<br>&gt;         libSM.so.6 =&gt; /usr/lib/libSM.so.6 (0xb7184000)<br>&gt;         libuuid.so.1 =&gt; /lib/libuuid.so.1 (0xb717f000)<br>&gt;         libICE.so.6 =&gt; /usr/lib/libICE.so.6 (0xb7166000)<br>&gt;         libX11.so.6 =&gt; /usr/lib/libX11.so.6 (0xb7041000)<br>&gt;         libxcb.so.1 =&gt; /usr/lib/libxcb.so.1 (0xb7025000)<br>&gt;         libXau.so.6 =&gt; /usr/lib/libXau.so.6 (0xb7021000)<br>&gt;         libXdmcp.so.6 =&gt; /usr/lib/libXdmcp.so.6 (0xb701b000)<br>&gt;         libdl.so.2 =&gt; /lib/libdl.so.2 (0xb7017000)<br>&gt;         libmpi.so.0 =&gt; /usr/lib/libmpi.so.0 (0xb6f84000)<br>&gt;         libopen-rte.so.0 =&gt; /usr/lib/libopen-rte.so.0 (0xb6f3d000)<br>&gt;         libopen-pal.so.0 =&gt; /usr/lib/libopen-pal.so.0 (0xb6ed2000)<br>&gt;         libutil.so.1 =&gt; /lib/libutil.so.1 (0xb6ece000)<br>&gt;         libpthread.so.0 =&gt; /lib/libpthread.so.0 (0xb6eb5000)<br>&gt;         libc.so.6 =&gt; /lib/libc.so.6 (0xb6d6f000)<br>&gt;         /lib/ld-linux.so.2 (0xb77f7000)<br>&gt; <br>&gt; Please somebody tell me what is the problem?<br>&gt; <br>&gt; Thanks,<br>&gt; <br>&gt; Manik Mayur<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php