Thanks a lot XAvier for clarifying my doubt. You mean to say &quot;-rdd&quot; option with mdrun, right? And why does this curvature of the membrane occurs?<div><br></div><div>Thanks a lot once again.</div><div><br></div><div>
Regards,</div><div><br></div><div>Anirban<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 16, 2010 at 3:53 PM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
Although a bit worrying the curvature of your bilayer is not<br>
responsible for the error message you are seeing.<br>
<br>
to solve the problem you have to increase to use the -rrd option<br>
(see manual for explanation). Typicaly a value of 1.4 to 1.6 should<br>
be fine.<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
On Aug 16, 2010, at 12:16 PM, Anirban Ghosh wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div></div><div class="h5">
Hi ALL,<br>
<br>
I have made a CGMD system with multiple copies of a single protein in bilayer, by replicating the monomer using genconf in the X-Y plane. After running CGMD for about 100 ns, I am getting the following error:<br>
<br>
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

   Energies (kJ/mol)<br>
           Bond       G96Angle    Proper Dih.  Improper Dih.        LJ (SR)<br>
    4.73694e+04    3.00928e+04    4.68451e+03    8.26028e+02   -1.29727e+06<br>
   Coulomb (SR)      Potential    Kinetic En.   Total Energy    Temperature<br>
   -7.97216e+03   -1.22227e+06    2.24656e+05   -9.97613e+05    3.21675e+02<br>
 Pressure (bar)  Cons. rmsd ()<br>
   -9.97540e+00    1.69233e-05<br>
<br>
<br>
Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells<br>
<br>
A list of missing interactions:<br>
            G96Angle of  28064 missing      1<br>
<br>
Molecule type &#39;DSPC&#39;<br>
the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>
            G96Angle atoms   10   11   12      global  5309  5310  5311<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.7<br>
Source code file: domdec_top.c, line: 341<br>
<br>
Fatal error:<br>
1 of the 62352 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.2 nm) or the two-body cut-off distance (1.2 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck<br>

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>

<br>
On visual inspection I found that the bilayer is becoming curved (image attached). In the .top file I have mentioned the different monomers of my system as:<br>
<br>
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
[ system ]<br>
PROT in DSPC Bilayer<br>
<br>
[ molecules ]<br>
Protein     1<br>
DSPC        104<br>
W           1397<br>
NA+         0<br>
CL-         4<br>
Protein     1<br>
DSPC        104<br>
W           1397<br>
NA+        0<br>
CL-         4<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
How can I resolve this error? Any suggestion is welcome.<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Anirban<br></div></div>
&lt;sim.jpeg&gt;--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br></div>