<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div><div>The way you define things would work fine but if&nbsp;</div><div>your dimer is an homodimer only one topology is&nbsp;</div><div>needed. topol_A and topolo_B should be identical.</div><div><br></div><div>The part of the mdp file is fine.</div><div><br><div><div>On Aug 16, 2010, at 7:13 AM, onetwo wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hello Sir,<br> <br> I am simulating a protein which is a homodimer, when I did pdb2gmx, it generated a topolgy file  in which there were two chain topologies for each chain as :              <br> <br> ; Include chain topologies<br> #include "topol_A.itp"<br> #include "topol_B.itp"       <br> <br> and in Compound section gave ;<br> <br> Compound        #mols<br> Protein_A           1<br> Protein_B           1<br> <br> I want to ask that if it will consider the system as one or two different proteins.<br> <br> Also in production MD phase, in md.mdp file I mentioned<br> <br> Berendsen temperature coupling is on in two groups<br> Tcoupl              = V-rescale<br> tc-grps             = Protein Non-Protein<br> tau_t               = 0.1     0.1<br> ref_t               = 300     300<br> <br> I have this doubt that as I have given tc-grps as Protein and Non-Protein, so if "Protein" will consider both the chains of the protein or not.<br> <br> Thanks in advance<br> Regards<br><table border="0" width="644" height="57" cellspacing="0" cellpadding="0" style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><tbody><tr><td><a href="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><img src="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></a></td></tr></tbody></table>-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br></div></body></html>