Hello Sir,<br />
<br />
I am simulating a protein which is a homodimer, when I did pdb2gmx, it generated a topolgy file  in which there were two chain topologies for each chain as :              <br />
<br />
; Include chain topologies<br />
#include "topol_A.itp"<br />
#include "topol_B.itp"       <br />
<br />
and in Compound section gave ;<br />
<br />
Compound        #mols<br />
Protein_A           1<br />
Protein_B           1<br />
<br />
I want to ask that if it will consider the system as one or two different proteins.<br />
<br />
Also in production MD phase, in md.mdp file I mentioned<br />
<br />
Berendsen temperature coupling is on in two groups<br />
Tcoupl              = V-rescale<br />
tc-grps             = Protein Non-Protein<br />
tau_t               = 0.1     0.1<br />
ref_t               = 300     300<br />
<br />
I have this doubt that as I have given tc-grps as Protein and Non-Protein, so if "Protein" will consider both the chains of the protein or not.<br />
<br />
Thanks in advance<br />
Regards<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>