<div><br></div><div><br></div><div>HI</div><div>What is the math definition of the radii of gyration about the principal axes in Gromacs?</div><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; "> I use the command   g_gyrate -p</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; "><br> For lysozyme ,   I got  =&gt;<br> 0.922754     1.22249     1.25603<br><br> but in some paper, the authors got<br>
 =&gt; 0.660  0.833  0.991<br><br> It is a quite difference.</span></div><div><br></div><div>From David =&gt; </div><div>&quot;<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">The difference seems to be a constant factor.</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">Gromacs computes<br>sqrt (sum m (r-r_com)^2 / sum m)<br>I&#39;m pretty sure it says so in the manual.&quot;</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">1. so the different factor is  <span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px; "> sum m ,  not sum_N,   right ?  (N= number of atoms)</span></span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px; ">2. the choice of the principal axes of the protein molecule is a standard process ?</span></span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">    =&gt; I mean <span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px; ">the principal axes of the protein molecule  is fixed, right  ?</span></span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">    =&gt; I mean the math of <span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px; ">the principal axes of the protein molecule is defined all over the world , right ?</span></span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">Thank you</span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">Lin</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>
<br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">On 2010-08-14 23.49, Chih-Ying Lin wrote:<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Hi<br>&gt; To Calculate the radii of gyration about the principal axes<br>
&gt;<br>&gt; I use the command<br>&gt; g_gyrate -p<br>&gt;<br>&gt; For lysozyme ,   I got  =&gt;<br>&gt; 0.922754     1.22249     1.25603<br>&gt;<br>&gt; but in some paper, the authors got<br>&gt; =&gt; 0.660  0.833  0.991<br>
&gt;<br>&gt; It is a quite difference.<br>&gt;<br>&gt; what is the definition of the radii of gyration about the principal axes  ?<br>&gt; i have checked the Gromacs manual but see nothing there.<br><br>The difference seems to be a constant factor.<br>
Gromacs computes<br>sqrt (sum m (r-r_com)^2 / sum m)<br>I&#39;m pretty sure it says so in the manual.<br><br><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Thank you<br>&gt;<br>&gt; Lin<br>&gt;<br></span></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br>
</span></font></div>