
<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div>That means that in your starting conformation you have strong forces<div>probably coming from back contacts.&nbsp;</div><div><br></div><div>minimization/equilibration should help removing them.<br><div><br><div><div>On Aug 17, 2010, at 12:29 PM, rekkha nivethitha wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><b>Hi frnds,<br><br>On running, Molecular dynamics simulation of protein-protein complex, While running md run, i got this error,<br></b><br>"Back Off! I just backed up complex_pr1.trr to ./#complex_pr1.trr.5#<br><br> Back Off! I just backed up complex_pr1.edr to ./#complex_pr1.edr.5#<br><br><br>Step 0, time 0 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.011042, max 4.472447 (between atoms 12 and 14)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> &nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br><br>Back Off! I just backed up step0b.pdb to ./#step0b.pdb.15#<br><br>Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.15#<br>- Show quoted text -<br><br> Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br>Step 0, time 0 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.068209, max 23.054199 (between atoms 10 and 12)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> &nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp; 51.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0589&nbsp;&nbsp; 0.1043&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp; 46.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0457&nbsp;&nbsp; 0.0811&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp; 67.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0255&nbsp;&nbsp; 0.1339&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp; 69.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0269&nbsp;&nbsp; 0.1376&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 77.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4780&nbsp;&nbsp; 0.1629&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp; 97.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4847&nbsp;&nbsp; 0.1141&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp; 103.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2087&nbsp;&nbsp; 0.4628&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp; 63.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1981&nbsp;&nbsp; 0.0359&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp; 70.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4388&nbsp;&nbsp; 0.2060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 54.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2491&nbsp;&nbsp; 0.1016&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; 167.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1444&nbsp;&nbsp; 0.0334&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; 140.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1344&nbsp;&nbsp; 0.0404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1430<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; 101.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3497&nbsp;&nbsp; 0.2598&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp; 42.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2115&nbsp;&nbsp; 0.2662&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 60.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3511&nbsp;&nbsp; 0.2556&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 91.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1603&nbsp;&nbsp; 0.1401&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 86.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1443&nbsp;&nbsp; 1.1227&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; 134.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1908&nbsp;&nbsp; 0.8440&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; 173.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4358&nbsp;&nbsp; 1.5698&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; 173.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4358&nbsp;&nbsp; 1.5704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; 174.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6605&nbsp;&nbsp; 2.0535&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; 177.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3602&nbsp;&nbsp; 2.8668&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; 168.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2643&nbsp;&nbsp; 2.9856&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; 166.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3248&nbsp;&nbsp; 1.9914&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; 176.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7278&nbsp;&nbsp; 3.1437&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; 177.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3443&nbsp;&nbsp; 2.5072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; 174.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3544&nbsp;&nbsp; 3.6803&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; 169.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4052&nbsp;&nbsp; 1.7864&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; 173.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5139&nbsp;&nbsp; 1.8491&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; 151.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0964&nbsp;&nbsp; 0.7325&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 115.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0879&nbsp;&nbsp; 0.8155&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 53.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1958&nbsp;&nbsp; 0.0677&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 56.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1444&nbsp;&nbsp; 0.0413&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br><br>Back Off! I just backed up step0b.pdb to ./#step0b.pdb.16#<br><br>Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.16#<br> <br><br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>starting mdrun 'Protein'<br>10000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.0 ps.<br><br>Step 0, time 0 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.511037, max 177.073975 (between atoms 12 and 14)<br> bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; 104.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1585&nbsp;&nbsp; 0.1484&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp; 147.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0589&nbsp;&nbsp; 0.6971&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; 177.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0457&nbsp;&nbsp; 0.6713&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp; 158.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0255&nbsp;&nbsp; 0.7496&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp; 159.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0269&nbsp;&nbsp; 0.7308&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp; 162.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4780&nbsp;&nbsp; 0.9895&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp; 173.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4847&nbsp;&nbsp; 0.9904&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp; 115.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2087&nbsp;&nbsp; 0.9548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; 177.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1981&nbsp;&nbsp; 0.3387&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; 128.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4388&nbsp;&nbsp; 0.2813&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; 159.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2491&nbsp;&nbsp; 0.2681&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; 105.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3497&nbsp;&nbsp; 0.6145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; 105.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2115&nbsp;&nbsp; 0.3658&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 90.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3511&nbsp;&nbsp; 0.3786&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 75.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1603&nbsp;&nbsp; 0.1584&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 85.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1443&nbsp;&nbsp; 4.4331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; 146.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1908&nbsp;&nbsp; 4.6893&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; 172.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4358&nbsp; 11.1229&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; 172.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4358&nbsp; 11.1267&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; 172.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6605&nbsp; 15.2461&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; 178.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3602&nbsp; 20.4103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; 173.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2643&nbsp; 20.5192&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; 170.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3248&nbsp; 14.1432&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; 174.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7278&nbsp; 23.6838&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; 177.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3443&nbsp; 18.2694&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; 175.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3544&nbsp; 26.0403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; 168.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4052&nbsp; 13.2549&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; 174.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5139&nbsp; 13.7575&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; 163.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0964&nbsp;&nbsp; 4.7575&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 125.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0879&nbsp;&nbsp; 4.2261&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; 148.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1958&nbsp;&nbsp; 0.9645&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; 149.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2692&nbsp;&nbsp; 0.7665&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;129611 129612&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.2674&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;129612 129613&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1416&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br><br>Back Off! I just backed up step0b.pdb to ./#step0b.pdb.17#<br> <br>Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.17#<br><br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>step 0Warning: 1-4 interaction between 1 and 8 at distance 3.642 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm<br> <br>These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>or with user tables increase the table size<br><br>Step 1, time 0.002 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br> relative constraint deviation after LINCS:<br>rms nan, max inf (between atoms 217610 and 217611)<br><br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; 122.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1484 5268.9219&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp; 172.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6971 24781.9824&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; 177.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6713 25114.8770&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp; 176.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7496 24894.9922&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp; 176.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7308 24889.9258&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp; 174.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9895 71015.7422&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp; 176.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9904 71153.2344&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp; 148.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9548 107354.2266&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; 162.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3387 229725.0156&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; 121.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2813 1073675.7500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; 148.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2681 789798.5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 50.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0775 9266.4717&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; 100.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2466 738411.5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp; 98.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2343 746187.6875&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1430<br>&nbsp;&nbsp; 3026&nbsp;&nbsp; 3028&nbsp;&nbsp; 91.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250&nbsp;&nbsp; 0.4201&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250<br>&nbsp;&nbsp; 3026&nbsp;&nbsp; 3027&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250&nbsp;&nbsp; 6.0161&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250<br>&nbsp;&nbsp; 3025&nbsp;&nbsp; 3026&nbsp;&nbsp; 92.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 0.3814&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br> &nbsp;&nbsp; 3024&nbsp;&nbsp; 3025&nbsp;&nbsp; 93.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 0.0507&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;121875 121876&nbsp;&nbsp; 46.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.0998&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br><br>&nbsp;129545 129546&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 105344.8516&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;129546 129547&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 31176.9414&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;129611 129612&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2674&nbsp;&nbsp; 0.1382&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;129612 129613&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1416&nbsp;&nbsp; 0.3485&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;129806 129807&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1361&nbsp;&nbsp; 0.1366&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;129807 129808&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0997&nbsp;&nbsp; 0.1412&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;209585 209586&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 382829.5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;209586 209587&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 3123167.5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;209624 209625&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 4163099951104.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;209625 209626&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 160979585335296.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;209747 209748&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 12586.1602&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;209748 209749&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 7844.0381&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;209774 209775&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 3.7737&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;209775 209776&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp; 47.2691&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;209789 209790&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp; 14.4135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;209790 209791&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 104.0994&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;209879 209880&nbsp;&nbsp; 51.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.1343&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;209880 209881&nbsp;&nbsp; 41.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.0874&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;209897 209898&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 120248.1172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;209898 209899&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 138503.4844&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br><br>&nbsp;209930 209931&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 63489.3242&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;209931 209932&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 47976.7461&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210014 210015&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 137179.0312&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210015 210016&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 71803.4219&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210050 210051&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 213452947456.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210051 210052&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 72714027008.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210056 210057&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 199.7133&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210057 210058&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 105.5468&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210098 210099&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 73437.0312&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210099 210100&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 268403.0625&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210164 210165&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 46437.6328&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210165 210166&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 51395.5938&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210179 210180&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 4295428199677952.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210180 210181&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 486194794201088.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210182 210183&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp; 56.3336&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210183 210184&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp; 44.0229&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210257 210258&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.6066&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210258 210259&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.3301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210266 210267&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 203980400752590848.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210267 210268&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 13299902656299401216.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210278 210279&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 12786.2998&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210279 210280&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 3739.4780&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210281 210282&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 1347.9357&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210282 210283&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 288.4388&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210335 210336&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.8601&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210336 210337&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp; 24.9081&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210344 210345&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 9.9901&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210345 210346&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 1.1741&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210401 210402&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 27811495937048576.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210402 210403&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 840865673553903616.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210405 210406&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.2518&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210420 210421&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.8193&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;210455 210456&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 13482.6270&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210456 210457&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 792207.0625&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;210464 210465&nbsp;&nbsp; 56.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.1316&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;210465 210466&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 6.4574&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217001 217002&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp; 13.7040&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217002 217003&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp; 39.0037&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;217100 217101&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp; 47.7831&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217101 217102&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp; 28.3606&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217184 217185&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 3.4058&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217185 217186&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.9996&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;217199 217200&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 3054621.5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217200 217201&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 3108384.5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217296 217297&nbsp;&nbsp; 61.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.0997&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217334 217335&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.9596&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217335 217336&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 1.0436&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217340 217341&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 3087.8428&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217341 217342&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 170736.0938&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217364 217365&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.1587&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217365 217366&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1284&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217370 217371&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp; 13.5364&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217371 217372&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp; 43.8809&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217418 217419&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp; 18.2625&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217419 217420&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp; 78.1691&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217421 217422&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 7457577.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217422 217423&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 201796896.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217451 217452&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 326.0662&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217452 217453&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 727.6672&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217484 217485&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 4946.5952&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217485 217486&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 3379.7615&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217523 217524&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 151100137144320.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217524 217525&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 132571228798976.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217529 217530&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 39939540.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217530 217531&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 34472400.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217553 217554&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 1316.5348&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217554 217555&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 25330.9297&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217565 217566&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 5555419611136.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217566 217567&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 4930378661888.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217571 217572&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.1916&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217572 217573&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1029&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217589 217590&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 2813.3743&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217590 217591&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 29037.5332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217607 217608&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 327.0599&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217608 217609&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 14864.0811&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217610 217611&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 923021436809913529434302840832<br>.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217611 217612&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 32989325964921177052496789504.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;217646 217647&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 6619.4277&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217647 217648&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 692045.7500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217649 217650&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.4602&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217650 217651&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.8503&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;217656 217657&nbsp;&nbsp; 46.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1009&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217694 217695&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 20395.2773&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217695 217696&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 3979995.7500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217700 217701&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 39071502175305728.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217701 217702&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 6424830840668160.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217706 217707&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 2210.6899&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217707 217708&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 16389.5410&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217760 217761&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 857911.1250&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217761 217762&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 802024.6250&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217763 217764&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 7892.6123&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217764 217765&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 20200.1191&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217766 217767&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.1947&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217767 217768&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp; 11.7431&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217848 217849&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.4890&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217860 217861&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 4.7575&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217892 217893&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360&nbsp;&nbsp; 0.1850&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br> &nbsp;217893 217894&nbsp;&nbsp; 33.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217919 217920&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 4411960316436235384801722368.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217920 217921&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 1212861174208338075609726976.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217923 217924&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.2532&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> &nbsp;217937 217938&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 1890087.1250&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217938 217939&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 2544109.2500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;217940 217941&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360 3761396.7500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1360<br>&nbsp;217941 217942&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000 233782.6875&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br> <br>Back Off! I just backed up step1b.pdb to ./#step1b.pdb.5#<br><br>Back Off! I just backed up step1c.pdb to ./#step1c.pdb.5#<br><br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Segmentation fault"<br><br> <b>What is the problem behind this error.<br><br>Why its coming..<br><br>I used this parameter file:</b><br><br>define = -DPOSRES<br>constraints = all-bonds<br>integrator = md<br>dt = 0.002 ; ps !<br>nsteps = 10000 ; total 20.0 ps.<br> nstcomm = 1<br>nstxout = 250 ; collect data every 0.5 ps<br>nstvout = 1000<br>nstfout = 0<br>nstlog = 10<br>nstenergy = 10<br>nstlist = 10<br>ns_type = grid<br>rlist = 1.0<br>coulombtype = PME<br>rcoulomb = 1.0<br>vdwtype = cut-off<br> rvdw = 1.4<br>fourierspacing = 0.135<br>fourier_nx = 0<br>fourier_ny = 0<br>fourier_nz = 0<br>pme_order = 4<br>ewald_rtol = 1e-5<br>optimize_fft = yes<br>DispCorr = no<br>; Berendsen temperature coupling is on<br>Tcoupl = v-rescale<br> tau_t = 0.1 0.1<br>tc-grps = protein non-protein<br>ref_t = 300 300<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl = parrinello-rahman<br>Pcoupltype = isotropic<br>tau_p = 0.5<br>compressibility = 4.5e-5<br>ref_p = 1.0<br>; Generate velocites is on at 300 K.<br> gen_vel = yes<br>gen_temp = 300.0<br>gen_seed = 173529<br><br>Can u help me in, how to rectify this problem and find a suitable solution to the problem.<br><br>Thank u in advance.<br clear="all"><br>-- <br>S.T.B. Rekkha Nivethitha<br> MPhil, Department of Bioinformatics,<br>Structural Biology Lab,<br>Bharathiar University,<br>Coimbatore - 46.<br> -- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br></div></div></body></html>