Hi Justin<br>Thanks for your response. I suspect that it is the same thing. Is there a way to make gromacs use PME only within a certain region of the simulation box? Also, how does one know how to fix the load imbalances (in this context)?<br>

<br>Thanks for your help.<br><br>Sapna<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 17, 2010 at 5:29 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div class="im"><br>
<br>
sapna sarupria wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi all,<br>
<br>
I am running (NVT) simulations of a drop of water (~5 nm in radius) in a big box (~25 nm) in a box and find that the simulations are rather slow. I am getting about 0.8 ns per day when a simulation of bulk system of equivalent number of waters will be much faster. The number of waters is ~12000. I was wondering if anyone can suggest methods with which I can speed up the simulations. I am using domain decomposition and optimize_fft is set to yes. PME is used for the electrostatics.<br>


</blockquote>
<br></div>
I would suspect that the lag comes from a lot of unused PME calculations. During your run, PME grid points will be assigned to vacuum space, for which nothing needs to be done.  You can check imbalances and performance loss in the log file.<br>


<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Thank you<br>
<br>
Sincerely<br>
Sapna<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sapna Sarupria<br>Post-doctoral Researcher<br>Princeton University<br>New Jersey 08540<br>U.S.A.<br><br>Life isn&#39;t about finding yourself. Life is about creating yourself. -- George Bernard Shaw. <br>

Dare to Dream<br>