<br><br>----- Original Message -----<br>From: nishap.patel@utoronto.ca<br>Date: Tuesday, August 17, 2010 3:56<br>Subject: [gmx-users] NaCl<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hello,<br>&gt; <br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; I want to simulate a simple NaCl ion in <br><br>Well, technically not an ion. I reckon that even given Moore's Law will continue to hold, it will be infeasible for at least the next thousand years for you to simulate a large enough water box that the dissociation equilibrium of NaCl will actually have a single NaCl molecule present. :-) Thus even if you succeed in finding reasonable parameters, I can't see how your simulation could mean anything.<br><br>&gt; water. I know the method using genion which adds individual Na+ <br>&gt; and Cl- ion, but I wish to simulate Na-Cl connected rather than <br>&gt; free ions floating in water. When I ran the grompp command I got <br>&gt; the error:<br>&gt; No default Bond types<br>&gt; So I am thinking, I need to add b0 and Kb values for NaCl? Is <br>&gt; that correct?<br><br>Yes, but that's a non-trivial process. See http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization<br><br>Mark