Hi Justin<br><br>Thanks for your input. I guess I will do some more literature search and try to optimize the simulations as much as I can.<br><br>Thanks,<br>Sapna<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 17, 2010 at 5:36 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
sapna sarupria wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Justin<br>
Thanks for your response. I suspect that it is the same thing. Is there a way to make gromacs use PME only within a certain region of the simulation box? Also, how does one know how to fix the load imbalances (in this context)?<br>


</blockquote>
<br></div>
There is no way to limit PME to certain ranges. Â It is a method for solving infinite sums. Â Usually PME is a poor choice for in vacuo simulations and the like, since there&#39;s nothing to be done for most of the simulation box. Â You may want to see how others (in the literature) deal with droplet-type simulations.<br>


<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
<br>
Thanks for your help.<br>
<br>
Sapna<br>
<br></div><div><div></div><div class="h5">
On Tue, Aug 17, 2010 at 5:29 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
<br>
<br>
 Â  Â sapna sarupria wrote:<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â Hi all,<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â I am running (NVT) simulations of a drop of water (~5 nm in<br>
 Â  Â  Â  Â radius) in a big box (~25 nm) in a box and find that the<br>
 Â  Â  Â  Â simulations are rather slow. I am getting about 0.8 ns per day<br>
 Â  Â  Â  Â when a simulation of bulk system of equivalent number of waters<br>
 Â  Â  Â  Â will be much faster. The number of waters is ~12000. I was<br>
 Â  Â  Â  Â wondering if anyone can suggest methods with which I can speed<br>
 Â  Â  Â  Â up the simulations. I am using domain decomposition and<br>
 Â  Â  Â  Â optimize_fft is set to yes. PME is used for the electrostatics.<br>
<br>
<br>
 Â  Â I would suspect that the lag comes from a lot of unused PME<br>
 Â  Â calculations. During your run, PME grid points will be assigned to<br>
 Â  Â vacuum space, for which nothing needs to be done. Â You can check<br>
 Â  Â imbalances and performance loss in the log file.<br>
<br>
 Â  Â -Justin<br>
<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â Thank you<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â Sincerely<br>
 Â  Â  Â  Â Sapna<br>
<br>
<br>
 Â  Â -- Â  Â  ========================================<br>
<br>
 Â  Â Justin A. Lemkul<br>
 Â  Â Ph.D. Candidate<br>
 Â  Â ICTAS Doctoral Scholar<br>
 Â  Â MILES-IGERT Trainee<br>
 Â  Â Department of Biochemistry<br>
 Â  Â Virginia Tech<br>
 Â  Â Blacksburg, VA<br></div></div>
 Â  Â jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
 Â  Â <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 Â  Â ========================================<br>
 Â  Â -- Â  Â  gmx-users mailing list Â  Â <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 Â  Â &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
 Â  Â <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 Â  Â Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 Â  Â posting!<br>
 Â  Â Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 Â  Â interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 Â  Â &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
 Â  Â Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Sapna Sarupria<br>
Post-doctoral Researcher<br>
Princeton University<br>
New Jersey 08540<br>
U.S.A.<br>
<br>
Life isn&#39;t about finding yourself. Life is about creating yourself. -- George Bernard Shaw.<br>
Dare to Dream<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list Â  Â <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sapna Sarupria<br>Post-doctoral Researcher<br>Princeton University<br>New Jersey 08540<br>U.S.A.<br><br>Life isn&#39;t about finding yourself. Life is about creating yourself. -- George Bernard Shaw. <br>

Dare to Dream<br>