Hi Parichita,<br><br>Thanks for the suggestion. However, the question is what parameters from ffG53a6 can be used for not included sugars or glycolipid. I guess you can not simply use the charge, angle and dihedral values based on the atom types from 53a6.<br>
<br>Jianhui<br><br>Date: Wed, 18 Aug 2010 16:18:49 +0530 (IST)<br>
From: parichita parichita &lt;<a href="mailto:parichitamajumdar@yahoo.co.in">parichitamajumdar@yahoo.co.in</a><div id=":7k">&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] carbohydrate parameters in ffG53a6<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:456742.75700.qm@web8903.mail.in.yahoo.com">456742.75700.qm@web8903.mail.in.yahoo.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hi Jianhui,<br>
 For your sugar part you can use PRODRG, which will convert coordinates 
for small molecules in PDB format (or simple text structures) to the 
following topology formats: GROMOS, GROMACS and  from literature if you 
can find out the parameters of ffG53a6 force field,  then you can 
correct the charge, angle and dihedral values that you are collected 
from the PRODRG. Hope this will help you.<br>
Regards...<br>
Parichita...........<br>
<br>
<br>
 <br>
<br>
Parichita Mazumder <br>
Research Fellow<br>
C/O Dr. Chaitali Mukhopadhayay<br>
Department of Chemistry<br>
University of Calcutta<br>
92,A P C Road<br>
Kolkata-700009<br>
India.<br>
<br>
--- On Wed, 18/8/10, Jianhui Tian &lt;<a href="mailto:jianhuitian@gmail.com">jianhuitian@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
From: Jianhui Tian &lt;<a href="mailto:jianhuitian@gmail.com">jianhuitian@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] carbohydrate parameters in ffG53a6<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Date: Wednesday, 18 August, 2010, 10:16 AM<br>
<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
I want to do some simulations about carbohydrates and glycolipid. In the
 ffG53a6.rtp file, I just see limited parameters for carbohydrate, like 
monosaccharide Glucose, Mannose and Galactose. What parameters can be 
used for others like arabinose? Also, is there any parameters available 
in the Gromacs force field for glycolipid?<br>
<br>
Jianhui<br>
</div>