<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Art,<br>
<br>
For a globular protein, it should correlate with the gyration radius.
You can have a look at Dashevskaya et al., PROTOPLASMA 234: 13-23 for
some discussion about the relation of the radius of gyration and Stokes
radius. <br>
<br>
Ran<br>
<br>
Berk Hess wrote:
<blockquote cite="midCOL113-W39C638680F072B19BA6E868E9E0@phx.gbl"
 type="cite">
  <style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>Hi,<br>
  <br>
There might be a way to do this with Gromacs.<br>
But I would think a protein is simply a volume (maybe with one attached
water layer)<br>
for which there is a simple approximation for the hydrodynamic radius
in hydrodynamics.<br>
  <br>
Berk<br>
  <br>
&gt; From: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:aroberts99163@yahoo.com">aroberts99163@yahoo.com</a><br>
&gt; To: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; Date: Wed, 18 Aug 2010 14:25:26 -0700<br>
&gt; Subject: [gmx-users] Is there a way to calculate the hydrodynamic
radius using GROMACS?<br>
&gt; <br>
&gt; Hi, all,<br>
&gt; <br>
&gt; I was curious, if there is a way to calculate the hydrodynamic
radius <br>
&gt; of a protein using GROMACS?<br>
&gt; <br>
&gt; Much appreciated,<br>
&gt; Art<br>
&gt; <br>
&gt; Dr. Arthur Roberts, Ph.D.<br>
&gt; University of California, San Diego<br>
&gt; Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences<br>
&gt; 9500 Gilman Drive #0703<br>
&gt; La Jolla, CA 92093-0703<br>
&gt; <br>
&gt; email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:aroberts99163@yahoo.com">aroberts99163@yahoo.com</a><br>
&gt; cell: 206-850-7468<br>
&gt; skype=aroberts92122<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; -- <br>
&gt; gmx-users mailing list <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before
posting!<br>
&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>
&gt; www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
------------------------------------------------------
Ran Friedman
Postdoctoral Fellow
Computational Structural Biology Group (A. Caflisch)
Department of Biochemistry
University of Zurich
Winterthurerstrasse 190
CH-8057 Zurich, Switzerland
Tel. +41-44-6355559
Email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:r.friedman@bioc.uzh.ch">r.friedman@bioc.uzh.ch</a>
Skype: ran.friedman
------------------------------------------------------
</pre>
</body>
</html>