Hello,<br><br>I realize that this topic has been discussed before, but I just need to ascertain a few things: I have a system of about 1400 atoms with implicit solvent and I want to do a targeted MD. While doing the pre-processing, if I just specify &quot;grompp -r in.gro -rb out.gro&quot;, is this sufficient or are there any other things that I need to consider. Also, I have tabulated potentials. <br>
<br>If any one knows how to do this, or if you need more info on my system, please let me know.<br><br>Thanks,<br>Nimesh<br>