<div>Dear gmx users,<br><br>I am solvating a solute with a solvent molecule using command line below:<br><br>genbox -cp solute.gro -cs solvent.gro -o solvated.gro -p solute.top<br><br>solute is in a 20nm cubic box and by this command I am getting solvated box. solute.top is the top file of solute. I searched the archive list on how to edit top file for the next step which is EM of solvated molecule. I dont know how to include solvent.top file in solute.top. To do EM somehow I need to provide ff parameters of my solvent right? (also I wan to set zero charges ot all atoms so I need to do this before EM).</div>

<div> </div>
<div>I copied the solvent.top contents is solute top file but since atoms numbers are identical grompp em gives non atom match names error. Could you tell me what shoudl be in the [moleculetype] directory and last directory in solute.top for EM? Also I think I have to pay attention to number of solvent molecules in solvated.gro file and include it in top file I think..</div>

<div> </div>
<div>-</div>
<div> </div>
<div>Thanks for your help,</div>
<div> </div>