<br><br>----- Original Message -----<br>From: henri mone &lt;henrimone@gmail.com&gt;<br>Date: Saturday, August 21, 2010 23:06<br>Subject: [gmx-users] Calculate observed "Acceptance Ratio" from REMD        simulation<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Calculate observed "Acceptance Ratio" from REMD simulation<br>&gt; <br>&gt; Dear Gromacs users,<br>&gt; <br>&gt; I used the Gromacs how-to [1] to setup a REMD simulation. The targeted<br>&gt; acceptance ratio was P_acp=15%, I used the temperature generator<br>&gt; web-service [2] to get the temperature spacing. From the test<br>&gt; simulation I want to calculate the observed acceptance ratio P_obs.<br>&gt; The last md.log file gives a "Replica exchange statistic". I got<br>&gt; following questions regarding on how to calculate P_obs.<br>&gt; <br>&gt; 1. To get P_obs from simulation I have to calculate the ratio between<br>&gt; the successful exchange and total exchange attempts.<br>&gt; Is this correct? I checked several papers and books (Frenkel/Smit,<br>&gt; etc.), I only found the formula how to calculate the temperature<br>&gt; spacing given P_acp. But I couldn't find a formula or definition how<br>&gt; to calculate P_obs from a simulation. Is the above definition of P_obs<br>&gt; correct?<br><br>Yep. It's about the easiest thing you'll ever calculate from an MD simulation.<br>&nbsp;<br>&gt; 2. The md.log file "Replica exchange statistic" gives in my case<br>&gt; following summary [3]. For temperature T0 to T1 there wehre 664<br>&gt; successful exchanges. The number of exchange attempts were 1213. The<br>&gt; ratio 664/1213 gives 55%. Would the P_obs=55% , is this correct?<br>&gt; <br>&gt; 3. A observed ratio of P_obs=50% given a targeted acceptance <br>&gt; ratio of<br>&gt; P_acp=15% is quite high.<br>&gt; What can be the reason for this large discrepancy?<br><br>Probably, you've not done what you've think you've done with the web server.<br>&nbsp;<br>&gt; 4. Could the Gromacs users, admin etc. please add some more<br>&gt; information to the REMD Howto [1]. In particular regarding how to<br>&gt; calculate P_obs?<br><br>It's probably not there because it's regarded as straightforward :-)<br><br>&gt; It would be a really useful for the Gromacs users.<br>&gt; Can I as a Gromacs user add some more information to the howto <br>&gt; or do I<br>&gt; need a login?<br><br>The wiki-style web pages are largely a community effort. As such, contributions are welcome, subject to the usual wiki considerations that you might get edited mercilessly, etc. You'll need a login, and that might require someone to approve you, but that would normally be forthcoming.<br>&nbsp;<br>Mark<br>