I am new to Gromacs. I have a protein where ligand  is bound to it. I got this complex after carrying out docking of ligand to protein.The ligand is new. So no topology and parameter files are available. At first i want to carryout energy minimization of this complex and then I want to find out how ligand interacts with the protein active site residue by carrying a MD simulation. So can anyone guide me how to proceed. It would be a great help<br>
<br>Thanks<br>