<div>Olá pessoal, </div><div><br></div><div>Recently, McKerrel published his CHARMM force field to polyols (JCTC, 2009, 5, 1315). </div><div>I am very interested in using it in GROMACS.</div><div><br></div><div>For this, I began the transfer of the parameters with the following recipe:</div>
<div><br></div><div>1) All atom types were added to the atomtypes.atp file;</div><div>2) All bonded parameters (bonds, angles, ub, dihedral and impropers)</div><div>were added to the ffbonded.itp file;</div><div>3) van der Waals and Coulomb parameters were inserted properly</div>
<div>in ffnonbonded.itp;</div><div>4) The residues were created in a new file named polyols.rtp.</div><div><br></div><div>Well, pdb2gmx works fine! It generates the restraints file (posre.itp), configuration file </div><div>
(conf.gro) and topology file (topol.itp).  But when I run it in grommp, the default for </div><div>parameters are not found. Something like:</div><div><br></div><div>ERROR 6 [file topol.top, line 40]:</div><div>  No default Bond types</div>
<div><br></div><div>I know I can insert the parameters by hand in each .top file generated by pdb2gmx. </div><div>But what I need to do, so that grompp recognizes the default values automatically.</div><div><br></div><div>
Did I forgot some file? I&#39;m making some mistake?</div><div><br></div><meta charset="utf-8">Any suggestion is welcome!<br><div><br></div><div>Muito obrigado!</div><div>eef</div><div><br></div>_______________________________________<br>
Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC — CCNH<br>Av. dos Estados, 5001<br>Santo André - SP - Brasil<br>CEP 09210-971<br>+55.11.4996-0196<br><a href="http://fileti.ufabc.edu.br">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>