<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi, All<br><br>I am trying to calculate pmf for enzyme ligand complex using the tutorial of umbrella sampling.<br>I have successfully created the unit cell around the protein and have solvated. The ions were also added by genion.<br>But when I run the minimization step with the command<br><font style="" face="Arial"><font size="3"><pre>grompp -f minim.mdp -c solv_ions.gro -p 3JY0.top -o em.tpr</pre></font></font><br>the following error comes<br><br><br>Fatal error:<br>Molecule type 'NA+' contains no atoms<br><br><br>I tried my best to solve the problem but could no succeeded.<br>Any help to solve this problem will be highly appreciated. <br>The topology file is attached.<br><br>Thanks in advace<br><br>Many regards<br><br><div>Abdul Wadood, <br>Research Scholar, <br>Dr.Panjwani Center for Molecular Medicine and <br>Drug Research, <br>International Center for Chemical and <br>Biological Science, <br>University of Karachi, Karachi-75720, Pakistan. <br>Email:wadoodbiochemist@hotmail.com <br></div><br><br>                                               </body>
</html>