<br><br>----- Original Message -----<br>From: nishap.patel@utoronto.ca<br>Date: Wednesday, August 25, 2010 6:54<br>Subject: [gmx-users] VDW radii of Br and K+<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hello,<br>&gt; <br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; I converted a .tpr file for Bromine ion and <br>&gt; Potassium ion using -mead option and editconf. It gives out the <br>&gt; Van der Waals radius of the atom, but I don't understand why i <br>&gt; got ~2.46A for Potassium and ~2.31A for Bromide. Isn't the <br>&gt; bromide ion bigger than Potassium? And I used genion to add both <br>&gt; the atoms.<br><br>When something goes wrong, there has to be a chance that you've done the wrong thing. Supplying information like exact command lines and names of force fields has to help you get better help.<br><br>Mark