Hi, <br><br>while having a closer look at the topologies of aspartic- and glutamic-acid in OPLS-AA, I noticed that the charges of the carboxylic oxygen atoms are not consistent in the protonated forms of those residues:<br>

<br>from ffoplsaa.rtp of gromacs 4.0.7:<br><span style="font-family: courier new,monospace;">[ ASPH ]</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;"> [ atoms ]</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">     N    opls_238   -0.500     0  </span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">     H    opls_241    0.300     0  </span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">    CA    opls_224B   0.140     1  </span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">    HA    opls_140    0.060     1  </span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">    CB    opls_136   -0.120     2</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">   HB1    opls_140    0.060     2</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">   HB2    opls_140    0.060     2</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">    CG    opls_267    0.520     3</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">   <b>OD1</b>    opls_269   <b>-0.530</b>     3</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">   <b>OD2</b>    opls_268   <b>-0.440</b>     4</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">   HD2    opls_270    0.450     4</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">     C    opls_235    0.500     5</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">     O    opls_236   -0.500     5</span><br>[ ... ]<br><span style="font-family: courier new,monospace;">[ GLUH ]</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;"> [ atoms ]</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">     N    opls_238   -0.500     1</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">     H    opls_241    0.300     1</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">    CA    opls_224B   0.140     1</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">    HA    opls_140    0.060     1</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">    CB    opls_136   -0.120     2</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">   HB1    opls_140    0.060     2</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">   HB2    opls_140    0.060     2</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">    CG    opls_136   -0.120     3</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">   HG1    opls_140    0.060     3</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">   HG2    opls_140    0.060     3</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">    CD    opls_267    0.520     4</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">   <b>OE1</b>    opls_269   <b>-0.440</b>     4</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">   <b>OE2</b>    opls_268   <b>-0.530</b>     5</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">   HE2    opls_270    0.450     5</span><br style="font-family: courier new,monospace;">

<span style="font-family: courier new,monospace;">     C    opls_235    0.500     6</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">     O    opls_236   -0.500     6<br>

</span><br>in case of ASPH atom OD1 has a charge of -0.530 while it&#39;s equivalent in GLUH (OE1) has a charge of -0.440 and vice versa for OD2 and OE2.<br><br>While fast browsing over the OPLS-AA papers, I couldn&#39;t find a listing of the original charges to confirm which of the cases is the correct one. <br>

For all other forcefields for gromacs that have topologies for the protonated forms of aspartic- and glutamic-acid (gromos, ffencads and charmm27.ff (in GMX 4.5) the charges of OD1 and OD2 in ASPH match to the corresponding ones in GLUH.<br>

<br>I found this in the ffoplsaa.rtp of gromacs 4.0.7 and as far as I can see it&#39;s currently the same in the branches <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: &#39;Times New Roman&#39;; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: medium;"><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: small;"></span></span>release-4-0-patches and release-4-5-patches.<br>

<br>Cheers,<br>Oliver<br>-- <br>Oliver Stueker<br>NRC - National Institute for Nanotechnology /<br>University of Alberta, Canada<br>