<html>

<head>

<style><!--

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Tahoma

}

--></style>

</head>

<body class='hmmessage'>

Hi Eudes,<br>I do not know how work CHARMM force field, but if you use the following PDB file<br>for your dipeptide using OPLS-AA force field, you can obtain good results!.<br><br><br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; H1&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.940&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; -0.330&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; H2&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.470&nbsp;&nbsp; 0.820&nbsp; -0.330&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; H3&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.470&nbsp; -0.820&nbsp; -0.330&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CA&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 1.460&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; HA&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp; 0.920&nbsp;&nbsp; 1.790&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; CB&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.780&nbsp; -1.200&nbsp;&nbsp; 1.990&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; HB1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.340&nbsp; -2.120&nbsp;&nbsp; 1.570&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; HB2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.670&nbsp; -1.250&nbsp;&nbsp; 3.080&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; CG&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.240&nbsp; -1.170&nbsp;&nbsp; 1.650&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; CD1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.140&nbsp; -0.480&nbsp;&nbsp; 2.450&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; HD1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.770&nbsp;&nbsp; 0.040&nbsp;&nbsp; 3.340&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; CD2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.730&nbsp; -1.830&nbsp;&nbsp; 0.530&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; HD2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.030&nbsp; -2.380&nbsp; -0.120&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; CE1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.490&nbsp; -0.450&nbsp;&nbsp; 2.140&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; HE1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.180&nbsp;&nbsp; 0.100&nbsp;&nbsp; 2.790&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; CE2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.070&nbsp; -1.800&nbsp;&nbsp; 0.220&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; HE2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.440&nbsp; -2.330&nbsp; -0.670&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; CZ&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.950&nbsp; -1.110&nbsp;&nbsp; 1.020&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; HZ&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.020&nbsp; -1.090&nbsp;&nbsp; 0.780&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; C&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.400&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 2.020&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; O&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.160&nbsp; -0.950&nbsp;&nbsp; 1.880&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; N&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.710&nbsp;&nbsp; 1.140&nbsp;&nbsp; 2.660&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; H&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.990&nbsp;&nbsp; 1.860&nbsp;&nbsp; 2.700&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; CA&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.020&nbsp;&nbsp; 1.330&nbsp;&nbsp; 3.260&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; HA&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.770&nbsp;&nbsp; 1.260&nbsp;&nbsp; 2.460&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; CB&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.100&nbsp;&nbsp; 2.720&nbsp;&nbsp; 3.900&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; HB1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.290&nbsp;&nbsp; 2.820&nbsp;&nbsp; 4.630&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; HB2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.050&nbsp;&nbsp; 2.800&nbsp;&nbsp; 4.460&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; CG&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.020&nbsp;&nbsp; 3.850&nbsp;&nbsp; 2.920&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; CD1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.150&nbsp;&nbsp; 4.290&nbsp;&nbsp; 2.250&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; HD1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.120&nbsp;&nbsp; 3.820&nbsp;&nbsp; 2.450&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp; CD2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.810&nbsp;&nbsp; 4.460&nbsp;&nbsp; 2.650&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp; HD2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.900&nbsp;&nbsp; 4.120&nbsp;&nbsp; 3.160&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp; CE1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.070&nbsp;&nbsp; 5.330&nbsp;&nbsp; 1.340&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp; HE1 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.980&nbsp;&nbsp; 5.670&nbsp;&nbsp; 0.830&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp; CE2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.730&nbsp;&nbsp; 5.500&nbsp;&nbsp; 1.740&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; HE2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.760&nbsp;&nbsp; 5.980&nbsp;&nbsp; 1.540&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp; CZ&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.860&nbsp;&nbsp; 5.940&nbsp;&nbsp; 1.090&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; HZ&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.800&nbsp;&nbsp; 6.760&nbsp;&nbsp; 0.360&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; C&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.320&nbsp;&nbsp; 0.260&nbsp;&nbsp; 4.290&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; O1&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.370&nbsp; -0.690&nbsp;&nbsp; 4.490&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp; O2&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.520&nbsp;&nbsp; 0.340&nbsp;&nbsp; 4.920&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br><br>By<br>Osmair<br>Federal University of Sao Carlos - Brazil<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 26 Aug 2010 13:14:20 -0300<br>Subject: Re: [gmx-users] Dipeptide generation problem [Justin]<br>From: fileti@ufabc.edu.br<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><div>Olá Justin,&nbsp;</div><div>thank you for responding to my post.&nbsp;I had tried what you mentioned before.&nbsp;</div><div>All I get is that the some atoms are missing (see error message in the&nbsp;</div><div>link <a href="https://sites.google.com/site/fileti/" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/</a> ).</div>

<div>In fact, as I just want NH3+ (from LYS) and COO- (from ASP), the other atoms are not included&nbsp;</div><div>in PDB file and this can give error. If I put everything into the same group ("1" for example) many&nbsp;</div>

<div>of the atoms are deleted by pdb2gmx because they are duplicates.</div><div><br></div><div>In fact I still do not quite understand the logic of creating a PDB from the aminoacid residues.&nbsp;</div><div>I've read some tips on the list but still I could not understand.</div>

<div><br></div><div>That's it. If you have any suggestion, it will be very useful.</div><div><br></div><div>Até mais</div><div>eef</div>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>

Universidade Federal do ABC — CCNH<br>Av. dos Estados, 5001<br>Santo André - SP - Brasil<br>CEP 09210-971<br>+55.11.4996-0196<br><a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>

<br><br><div class="ecxgmail_quote"><blockquote class="ecxgmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

------------------------------<br>

<br>

Message: 2<br>

Date: Thu, 26 Aug 2010 09:32:06 -0300<br>

From: Eudes Fileti &lt;<a href="mailto:fileti@ufabc.edu.br">fileti@ufabc.edu.br</a>&gt;<br>

Subject: [gmx-users] Dipeptide generation problem<br>

To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>

Message-ID:<br>

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;AANLkTikWxuC1g8fQ=fqnPfiXSWaDSTsPha=<a href="mailto:9QjPTDY38@mail.gmail.com">9QjPTDY38@mail.gmail.com</a>&gt;<br>

Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"<br>

<br>

Hello everybody,<br>

I'm trying to create a dipeptide (L-PHE-L-PHE) from the PHE CHARMM residue.<br>

This dipeptide has a positively charged site (NH3+) and a negatively charged<br>

site (COO-).<br>

My PDB file ( <a href="https://sites.google.com/site/fileti/" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/</a> ) does not seem to be<br>

consistent<br>

and produces error when I execute pdb2gmx.<br>

<br>

The link above presents the PDB and the error message from pdb2gmx<br>

(which I have not found similar in the forum).<br>

<br>

Could someone give me a hand with that?<br>

<br>

Bests<br>

eef<br>

_______________________________________<br>

Eudes Eterno Fileti<br>

Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>

Universidade Federal do ABC — CCNH<br>

Av. dos Estados, 5001<br>

Santo André - SP - Brasil<br>

CEP 09210-971<br>

+55.11.4996-0196<br>

<a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>

-------------- next part --------------<br>

An HTML attachment was scrubbed...<br>

URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100826/0cfce19f/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100826/0cfce19f/attachment-0001.html</a><br>

<br>

------------------------------<br>

<br>

Message: 3<br>

Date: Thu, 26 Aug 2010 08:36:24 -0400<br>

From: "Justin A. Lemkul" &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>

Subject: Re: [gmx-users] Dipeptide generation problem<br>

To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>

Message-ID: &lt;<a href="mailto:4C765FC8.4020306@vt.edu">4C765FC8.4020306@vt.edu</a>&gt;<br>

Content-Type: text/plain; charset=windows-1252; format=flowed<br>

<br>

<br>

<br>

Eudes Fileti wrote:<br>

&gt; Hello everybody,<br>

&gt; I'm trying to create a dipeptide (L-PHE-L-PHE) from the PHE CHARMM residue.<br>

&gt; This dipeptide has a positively charged site (NH3+) and a negatively<br>

&gt; charged site (COO-).<br>

&gt; My PDB file ( <a href="https://sites.google.com/site/fileti/" target="_blank">https://sites.google.com/site/fileti/</a> ) does not seem to<br>

&gt; be consistent<br>

&gt; and produces error when I execute pdb2gmx.<br>

&gt;<br>

&gt; The link above presents the PDB and the error message from pdb2gmx<br>

&gt; (which I have not found similar in the forum).<br>

&gt;<br>

&gt; Could someone give me a hand with that?<br>

&gt;<br>

<br>

Your .pdb file contains various broken residues (ASP, LYS) and non-sequential<br>

numbering (i.e., those broken residues are all numbered 1). &nbsp;Clean up the .pdb<br>

and try again.<br>

<br>

-Justin<br>

<br>

&gt; Bests<br>

&gt; eef<br>

&gt; _______________________________________<br>

&gt; Eudes Eterno Fileti<br>

&gt; Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>

&gt; Universidade Federal do ABC — CCNH<br>

&gt; Av. dos Estados, 5001<br>

&gt; Santo André - SP - Brasil<br>

&gt; CEP 09210-971<br>

&gt; +55.11.4996-0196<br>

&gt; <a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>

&gt;<br>

<br>

--<br>

========================================<br>

<br>

Justin A. Lemkul<br>

Ph.D. Candidate<br>

ICTAS Doctoral Scholar<br>

MILES-IGERT Trainee<br>

Department of Biochemistry<br>

Virginia Tech<br>

Blacksburg, VA<br>

jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>

<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>

<br>

========================================<br><br></blockquote></div>

<br>-- 

gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org

http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users

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