<meta charset="utf-8">Hello everybody, <div>I&#39;m trying to create a dipeptide (L-PHE-L-PHE) from the PHE CHARMM residue. </div><div>This dipeptide has a positively charged site (NH3+) and a negatively charged site (COO-). </div>
<div>My PDB file ( <a href="https://sites.google.com/site/fileti/">https://sites.google.com/site/fileti/</a> ) does not seem to be consistent </div><div>and produces error when I execute pdb2gmx.<br><br></div><div>The link above presents the PDB and the error message from pdb2gmx </div>
<div>(which I have not found similar in the forum).<br><br>Could someone give me a hand with that?<div><br></div><div>Bests</div><div>eef</div><div>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>
Universidade Federal do ABC — CCNH<br>Av. dos Estados, 5001<br>Santo André - SP - Brasil<br>CEP 09210-971<br>+55.11.4996-0196<br><a href="http://fileti.ufabc.edu.br">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>
</div></div>