<br>HI <br>The charges of azobenzene from the authors, who made the QM/MM simulations and fit some experimental data about the azobenzene.<br><br><br><br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br>On 2010-08-26 18.59, Chih-Ying Lin wrote:<br>

&gt;<br>
&gt; Hi<br>
&gt; The partial charges of the trans and cis azobenzene are given as point<br>
&gt; charges lied on each atom center in my MD simulation.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
and where do you get the charges from?<br>
<br>
&gt; It is supposed that the real molecule of trans-azobenzene has a lower<br>
&gt; dipole moment than the cis one. So, the real molecule of<br>
&gt; trans-azobenzene is supposed to be more hydrophobic than the cis one.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; However, in my MD simulation =&gt;<br>
&gt; &quot;The partial charges of the trans and cis azobenzene are given as point<br>
&gt; charges lied on each atom center.&quot;<br>
&gt; =&gt; Is my trans-azobenzene molecule structure more hydrophobic than the<br>
&gt; cis-one?<br>
&gt; =&gt; how can I calculate the dipole moment from the given partial charges<br>
&gt; for each atom?<br>
&gt;<br>
mu = sum_i q r<br>
<br>
Or g_dipoles.<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you<br>
&gt; Lin<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>