<br><br>Hi <br>How can I calculate the SASA for each residue ?<br>From Manual =&gt; &quot;The program will ask for a group for the surface calculation
and a group for the output.&quot;<br><br><br><br>When I issue the command =&gt; g_sas -f  abc.gro   -s   abc.tpr  -n Residue1.ndx -o SASA.xvg  <br>=&gt; Gromacs will pick Residue1.ndx as both a group for the surface calculation
and a group for the output.<br><br><br><br>
When I issue the command =&gt; g_sas -f  abc.gro   -s   abc.tpr  -n Residue1.ndx -n protein.ndx -o SASA.xvg  <br>=&gt; Gromacs will show =&gt; Fatal error:Double command line argument -n<br><br><br><br>I want protein.ndx as a group for the surface calculation and Residue1.ndx as a group for the output.<br>
How to do fix the problem ?<br><br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>Group     0 (      System) has 20659 elements<br>Group     1 (     Protein) has  1321 elements<br>Group     2 (   Protein-H) has  1001 elements<br>
Group     3 (     C-alpha) has   129 elements<br>Group     4 (    Backbone) has   387 elements<br>Group     5 (   MainChain) has   517 elements<br>Group     6 (MainChain+Cb) has   634 elements<br>Group     7 ( MainChain+H) has   646 elements<br>
Group     8 (   SideChain) has   675 elements<br>Group     9 ( SideChain-H) has   484 elements<br>Group    10 ( Prot-Masses) has  1321 elements<br>Group    11 ( Non-Protein) has 19338 elements<br>Group    12 (         azo) has   330 elements<br>
Group    13 (         SOL) has 19008 elements<br>Group    14 (       Other) has 19338 elements<br><br><br><br>