----- Original Message -----<br>From: #ZHAO LINA# &lt;ZHAO0139@e.ntu.edu.sg&gt;<br>Date: Thursday, August 26, 2010 15:17<br>Subject: [gmx-users] How to calculate the distances<br>To: "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><span dir="ltr"><p>  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"> <style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style> <table><tbody><tr><td ocsi="0" fpstyle="1"><p> </p><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;"> <div style=""><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;Hi all,<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> I guess the question I'm going to ask probably is a bit simple to those who know, well. After MD, I got a dimer, how could I get the distance of those two proteins, the centre of mass distance. In this simulation, there were six involved, but I only want to  calculate the two of them.<br><br>Probably g_dist. See section 7.4 of the manual for some clues, and then the man pages of the individual tools for more information.<br><br>Mark<br></div></div></td></tr></tbody></table></p></span>