<br>Hi <br>The partial charges of the trans and cis azobenzene are given as point charges lied on each atom center in my MD simulation.<br><br><br>It is supposed that the real molecule of trans-azobenzene has a lower dipole moment than the cis one. So, the real molecule of trans-azobenzene is supposed to be more hydrophobic than the cis one. <br>
<br><br><br>However, in my MD simulation =&gt;<br>&quot;The partial charges of the trans and cis azobenzene are given as point charges lied on each atom center.&quot;<br>=&gt; Is my trans-azobenzene molecule structure more hydrophobic than the cis-one?<br>
=&gt; how can I calculate the dipole moment from the given partial charges for each atom?<br><br><br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br><br>