<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Thanks Roland and Mark for your input.<div>I did pdb2gmx -ss and checked the top file where the Cys are represented as CYSH, but when I loaded the generated pdb file in vmd, I can still see the original dsulfides bond, and each sulfur is protonated. Is this an artifact? Is there another way to confirm that the molecule is properly reduced<br><br><span style="color:rgb(0, 0, 191);font-family:tahoma, new york, times, serif;">Rabab Toubar</span><br style="color:rgb(0, 0, 191);font-family:tahoma, new york, times, serif;"><br><br>--- On <b>Wed, 8/25/10, Mark Abraham <i>&lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] How to tell if the molecule is correctly reduced?<br>To: "Discussion
 list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Wednesday, August 25, 2010, 8:57 PM<br><br><div id="yiv1443809230"><br><br>----- Original Message -----<br>From: Roland Schulz &lt;roland@utk.edu&gt;<br>Date: Thursday, August 26, 2010 3:06<br>Subject: Re: [gmx-users] How to tell if the molecule is correctly reduced?<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font>Hi,<div><br></div><div><font style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font>if the gro file written by pdb2gmx contains the same number of hydrogens then before, than you&nbsp;disulfide&nbsp;bonds haven't changed. pdb2gmx automatically forms disulfide bridges if the atoms are within some distance (see specbond). Look at the output of pdb2gmx and make sure it is doing what you
 expect/want.</div>  <div><font style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font>Roland<br><font style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font><br><div class="yiv1443809230gmail_quote"><font style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font>On Wed, Aug 25, 2010 at 12:44 PM, Rabab Toubar <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow">rtoubar@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="yiv1443809230gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex;"><font style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font>  Hi<br> <font
 style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font><br><font style="font-style:normal;font-weight:normal;background-color:rgb(245, 248, 240);font-size:14px;">&gt; </font> I did simulations for a protein with disulfide bonds using opls. Then I reduced the ssbonds in vmd and did simulations for the reduced. When loading gro(or pdb) and trr files on vmd I do not see reduced bonds. I also compared the two pdb files and they looked the same in terms of number of hydrogens in cysteines. So how can I tell if the molecule is properly reduced before going further.<br></blockquote></div></div><br>It can't be "properly reduced" by VMD. The coordinates and the topology both have to change, and VMD neither reads or writes .tpr and .top.<br><br>Instead, use pdb2gmx -ss to allow you to choose which disulfides are made in the first place.<br><br>Mark
</div><br>-----Inline Attachment Follows-----<br><br><div class="plainMail">-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></blockquote></div></td></tr></table><br>