<br><br>----- Original Message -----<br>From: Dmitri Dubov &lt;ddubov@ngs.ru&gt;<br>Date: Thursday, August 26, 2010 18:17<br>Subject: Re[2]: [gmx-users] initial velocities analysis<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br> <span><p><title>&lt;font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"&gt;&gt; &lt;/font&gt;Re[2]: [gmx-users] initial velocities analysis</title> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"> <meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css"> <style type="text/css"><!-- body {   margin: 5px 5px 5px 5px;   background-color: #ffffff; } /* ========== Text Styles ========== */ hr { color: #000000} body, table /* Normal text */ {  font-size: 9pt;  font-family: 'Courier New';  font-style: normal;  font-weight: normal;  color: #000000;  text-decoration: none; } span.rvts1 /* Heading */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  font-weight: bold;  color: #0000ff; } span.rvts2 /* Subheading */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  font-weight: bold;  color: #000080; } span.rvts3 /* Keywords */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  font-style: italic;  color: #800000; } a.rvts4, span.rvts4 /* Jump 1 */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  color: #008000;  text-decoration: underline; } a.rvts5, span.rvts5 /* Jump 2 */ {  font-size: 10pt;  font-family: 'Arial';  color: #008000;  text-decoration: underline; } span.rvts6 {  font-weight: bold;  color: #800000; } span.rvts7 {  font-weight: bold;  color: #800080; } a.rvts8, span.rvts8 {  color: #0000ff;  text-decoration: underline; } span.rvts9 {  font-weight: bold;  color: #800080; } span.rvts10 {  font-size: 8pt;  font-family: 'arial';  font-style: italic;  color: #c0c0c0; } a.rvts11, span.rvts11 {  font-size: 8pt;  font-family: 'arial';  color: #0000ff;  text-decoration: underline; } /* ========== Para Styles ========== */ p,ul,ol /* Paragraph Style */ {  text-align: left;  text-indent: 0px;  padding: 0px 0px 0px 0px;  margin: 0px 0px 0px 0px; } .rvps1 /* Centered */ {  text-align: center; } --></style> <table><tbody><tr><td><p>  </p><p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi, Justin.</p> <p><br></p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I'm also interested in this question. Could you make clear:</p> <p><br></p> <p><span class="rvts6"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; Anna Marabotti wrote:</span></p> <p><span class="rvts7">...</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; - is there a way to check for the velocities or for the random seed&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; used? I had a look at the .log file but I didn't find the information.&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; g_traj generated a very big file, and presently I have some problems to&nbsp;</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; analyze it. How can I see initial velocities?</span></p> <p><span class="rvts7">&gt;&gt; &nbsp;</span></p> <p>...</p> <p><br></p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In other words, when gen_seed is set to -1, there is a rigorous rule for seed calculation. How can I get the value of this seed? I need it to repeat exactly the same run, e.g., with more detailed outputs.</p><p><br></p><p>See manual 7.3.17, and inspect your mdrun .log file for the value grompp actually used. However, note http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Reproducibility</p><p><br></p><p>Mark<br></p></td></tr></tbody></table></p></span>