Thanks. Do you mean the &quot;-d&quot; option? What exactly does it mean by &quot;take the normal on the membrane&quot;? What membrane? What if I was simulating a system that doesn&#39;t have any membranes? <br><br>Thank you,<br>

<br>Alex<br><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 27, 2010 at 5:55 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">


<div><div></div><div><br>
<br>
Alex Matyushov wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear Gromacs community,<br>
<br>
I&#39;ve been using g_density to analyze distribution of atoms in an elongated box with a lipid bilayer and lipid monolayers at each end of the box. My results suggest that it found the density along the z-coordinate, which is the longest dimension in the box. That is indeed what I wanted but how would I check for sure what exactly it did? Or what if I wanted to find the density distribution in a different direction in the box? Say I wanted it as a function of coordinates in the x-direction. How would I specify it?<br>



<br>
Overall I&#39;d just like to have a better understanding and control over what exactly g_density is doing because right now I feel that I&#39;m just getting some numbers out but who knows how.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
I would suggest that you start by reading the contents of g_density -h.  There you will see the default options (one of which happens to be the box dimension along which the density is calculated).  You should never run a command blindly, hoping to get an answer.  The manual has implementation details for many of the algorithms that the tools utilize, information that will help you make wise choices.<br>



<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Thanks!<br>
<br>
Alex<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br>